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- PDB-1u83: PSL synthase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u83
タイトルPSL synthase from Bacillus subtilis
要素Phosphosulfolactate synthase
キーワードLYASE / Bacillus subtilis / structural genomics / Phosphosulfolactate synthase / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphosulfolactate synthase / phosphosulfolactate synthase activity
類似検索 - 分子機能
(2R)-phospho-3-sulpholactate synthase, ComA / (2R)-phospho-3-sulpholactate synthase, ComA superfamily / : / (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase (ComA) / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphosulfolactate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: PSL synthase from Bacillus subtilis
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年9月26日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphosulfolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7516
ポリマ－31,2851
非ポリマー4665
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Phosphosulfolactate synthase
ヘテロ分子

A: Phosphosulfolactate synthase
ヘテロ分子

A: Phosphosulfolactate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,25418
ポリマ－93,8563
非ポリマー1,39915
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area10490 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.071, 92.071, 92.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1132-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphosulfolactate synthase / (2R)-phospho-3-sulfolactate synthase / PSL synthase


分子量: 31285.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: comA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O06739, phosphosulfolactate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: Ammonium phosphate, Bis-Tris, ethylene glycol, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97921
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日 / 詳細: SBC2
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979211
反射解像度: 2.2→46.04 Å / Num. all: 13466 / Num. obs: 13466 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Limit h max: 41 / Limit h min: 2 / Limit k max: 29 / Limit k min: 2 / Limit l max: 29 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1977281.07 / Observed criterion F min: 10 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Rsym value: 0.563 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 671 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.1922 13490 --
obs0.1922 13466 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 66.7705 Å2 / ksol: 0.385885 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.4 Å2 / Biso mean: 40.73 Å2 / Biso min: 20.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.17 Å
Luzzati d res high-2.2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 28 176 2013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.75
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.2-2.30.266704.20.22915910.0321702166197.6
2.3-2.420.228834.90.20715980.0251686168199.7
2.42-2.570.231804.90.20715580.0261640163899.9
2.57-2.770.247885.30.19315750.0261665166399.9
2.77-3.050.23845.10.19515760.0251661166099.9
3.05-3.490.229774.60.17816130.02616901690100
3.49-4.40.2298650.16616170.02517031703100
4.4-46.040.1911035.80.19616670.0191771177099.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gol.paramgol.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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