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万見
- PDB-1u7z: Phosphopantothenoylcysteine synthetase from E. coli, 4'-phosphopa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u7z
タイトルPhosphopantothenoylcysteine synthetase from E. coli, 4'-phosphopantothenoyl-CMP complex
要素Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
キーワードLIGASE / Coenzyme A biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CoaB-like / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein C-terminal domain / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PMT / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stanitzek, S. / Augustin, M.A. / Huber, R. / Kupke, T. / Steinbacher, S.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of CTP-Dependent Peptide Bond Formation in Coenzyme A Biosynthesis Catalyzed by Escherichia coli PPC Synthetase
著者: Stanitzek, S. / Augustin, M.A. / Huber, R. / Kupke, T. / Steinbacher, S.
履歴
登録2004年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3136
ポリマ－74,5003
非ポリマー1,8133
水4,648258
1
A: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
B: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8754
ポリマ－49,6672
非ポリマー1,2092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
2
C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
ヘテロ分子

C: Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8754
ポリマ－49,6672
非ポリマー1,2092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)43.627, 142.584, 244.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC


分子量: 24833.348 Da / 分子数: 3
断片: Phosphopantothenoylcysteine synthetase(residues 181-406)
変異: N210D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0ABQ0, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)
#2: 化合物 ChemComp-PMT / PHOSPHORIC ACID MONO-[3-(3-{[5-(4-AMINO-2-OXO-2H-PYRIMIDIN-1-YL)-3,4- DIHYDROXY-TETRAHYDRO-FURAN-2- YLMETHOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYLOXY}-3-OXO-PROPYLCARBAMOYL)-3-HYDROXY-2,2- DIMETHYL-PROPYL] ESTER / 4'-PHOSPHOPANTOTHENOYL- CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 604.396 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30N4O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 3000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 32347 / Num. obs: 32347 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.297 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U7U

1u7u


解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1603 -random
Rwork0.196 ---
all0.203 32347 --
obs0.203 32347 93.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5038 0 117 258 5413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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