[日本語] English
万見
- PDB-1u7t: Crystal Structure of ABAD/HSD10 with a Bound Inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u7t
タイトルCrystal Structure of ABAD/HSD10 with a Bound Inhibitor
要素3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / rRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial tRNA methylation / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial ribonuclease P complex / mitochondrial tRNA 5'-end processing ...brexanolone metabolic process / isoursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / ursodeoxycholate 7-beta-dehydrogenase (NAD+) activity / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase / 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase activity / rRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial tRNA methylation / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial ribonuclease P complex / mitochondrial tRNA 5'-end processing / chenodeoxycholate 7-alpha-dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial tRNA 3'-end processing / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / tRNA modification in the mitochondrion / 7alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / cholate 7-alpha-dehydrogenase activity / C21-steroid hormone metabolic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / tRNA methyltransferase complex / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / isoleucine catabolic process / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / estrogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / mitochondrial nucleoid / androgen metabolic process / Mitochondrial protein degradation / mitochondrion organization / fatty acid metabolic process / lipid metabolic process / protein homotetramerization / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-TDT / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kissinger, C.R. / Rejto, P.A. / Pelletier, L.A. / Showalter, R.E. / Villafranca, J.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of human ABAD/HSD10 with a bound inhibitor: implications for design of Alzheimer's disease therapeutics
著者: Kissinger, C.R. / Rejto, P.A. / Pelletier, L.A. / Thomson, J.A. / Showalter, R.E. / Abreo, M.A. / Agree, C.S. / Margosiak, S. / Meng, J.J. / Aust, R.M. / Vanderpool, D. / Li, B. / Tempczyk- ...著者: Kissinger, C.R. / Rejto, P.A. / Pelletier, L.A. / Thomson, J.A. / Showalter, R.E. / Abreo, M.A. / Agree, C.S. / Margosiak, S. / Meng, J.J. / Aust, R.M. / Vanderpool, D. / Li, B. / Tempczyk-Russell, A. / Villafranca, J.E.
履歴
登録2004年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II
B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II
C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II
D: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7488
ポリマ－108,0044
非ポリマー3,7444
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21040 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.0, 80.8, 110.0
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 105.6, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is the tetramer contained in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II / Type II HADH / Endoplasmic reticulum-associated amyloid beta-peptide binding protein / Short-chain ...Type II HADH / Endoplasmic reticulum-associated amyloid beta-peptide binding protein / Short-chain type dehydrogenase/reductase XH98G2 / AMYLOID BETA-PEPTIDE-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE / ABAD


分子量: 27001.072 Da / 分子数: 4 / 変異: C214R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HADH2, ERAB, XH98G2, SCHAD / プラスミド: PMGH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99714, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-TDT / 1-AZEPAN-1-YL-2-PHENYL-2-(4-THIOXO-1,4-DIHYDRO-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-5-YL)ETHANONE ADDUCT


分子量: 1026.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H44N12O15P2S
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: MME-PEG 2000, sodium citrate, isopropanol, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 69169 / Num. obs: 69169

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Wild-type human ABAD

解像度: 2→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.263 3429 THIN SHELLS
Rwork0.215 --
all0.215 68595 -
obs0.215 68595 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7224 0 254 282 7760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る