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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u7o | ||||||
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タイトル | Magnesium Dependent Phosphatase 1 (MDP-1) | ||||||
![]() | magnesium-dependent phosphatase-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / HAD superfamily / phosphoryl transfer / phosphotyrosine phosphatase / aspartate nucleophile / enzyme evolution / structural enzymology / class III | ||||||
機能・相同性 | ![]() fructosamine metabolic process / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peisach, E. / Selengut, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of the hypothetical phosphotyrosine phosphatase MDP-1 of the haloacid dehalogenase superfamily 著者: Peisach, E. / Selengut, J.D. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. #1: ![]() タイトル: MDP-1: A novel eukaryotic magnesium-dependent phosphatase 著者: Selengut, J.D. / Levine, R.L. #2: ![]() タイトル: MDP-1 is a new and distinct member of the haloacid dehalogenase family of aspartate-dependent phosphohydrolases 著者: Selengut, J.D. #3: ![]() タイトル: The crystal structure of bacillus cereus phosphonoacetaldehyde hydrolase: insight into catalysis of phosphorus bond cleavage and catalytic diversification within the HAD enzyme superfamily 著者: Morais, M.C. / Zhang, W. / Baker, A.S. / Zhang, G. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18605.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月20日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19.42 Å / Num. all: 14718 / Num. obs: 14675 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Limit h max: 31 / Limit h min: 0 / Limit k max: 22 / Limit k min: 0 / Limit l max: 52 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 445297.83 / Observed criterion F min: 0.77 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.4 % / Num. unique all: 1433 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MAD phased structure at lower resolution 解像度: 1.9→19.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 53.5491 Å2 / ksol: 0.401103 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.08 Å2 / Biso mean: 22.4 Å2 / Biso min: 9.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine Biso |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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