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万見
- PDB-1u7f: Crystal Structure of the phosphorylated Smad3/Smad4 heterotrimeri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u7f
タイトルCrystal Structure of the phosphorylated Smad3/Smad4 heterotrimeric complex
要素
  • Mothers against decapentaplegic homolog 3
  • Mothers against decapentaplegic homolog 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Smad / TGF-beta / signal transduction / protein complex / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification ...nuclear mineralocorticoid receptor binding / negative regulation of lung blood pressure / regulation of miRNA transcription / positive regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / female gonad morphogenesis / negative regulation of cardiac myofibril assembly / metanephric mesenchyme morphogenesis / nephrogenic mesenchyme morphogenesis / somite rostral/caudal axis specification / paraxial mesoderm morphogenesis / transdifferentiation / sterol response element binding / atrioventricular valve formation / activin responsive factor complex / mesendoderm development / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / regulation of hair follicle development / sebaceous gland development / SMAD protein complex / positive regulation of luteinizing hormone secretion / immune system development / filamin binding / regulation of striated muscle tissue development / formation of anatomical boundary / RUNX2 regulates bone development / epithelial cell migration / heteromeric SMAD protein complex / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / co-SMAD binding / regulation of transforming growth factor beta2 production / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / neuron fate specification / bHLH transcription factor binding / response to transforming growth factor beta / positive regulation of chondrocyte differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / DEAD/H-box RNA helicase binding / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / pericardium development / secondary palate development / negative regulation of osteoblast proliferation / trophoblast cell migration / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / brainstem development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / atrioventricular canal development / embryonic foregut morphogenesis / negative regulation of wound healing / cardiac conduction system development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / lens fiber cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / transforming growth factor beta receptor binding / sulfate binding / Germ layer formation at gastrulation / primary miRNA processing / cellular response to BMP stimulus / Formation of definitive endoderm / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / embryonic pattern specification / endoderm development / Signaling by Activin / outflow tract septum morphogenesis / activin receptor signaling pathway / Formation of axial mesoderm / cell-cell junction organization / Signaling by NODAL / regulation of epithelial cell proliferation / embryonic cranial skeleton morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / I-SMAD binding / Interleukin-37 signaling / TGFBR3 expression / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / response to angiotensin / nuclear inner membrane / signal transduction involved in regulation of gene expression / Cardiogenesis / positive regulation of positive chemotaxis / osteoblast development / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of ossification / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / endothelial cell activation / neural crest cell differentiation / ureteric bud development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription repressor activity / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 3 / Mothers against decapentaplegic homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chacko, B.M. / Qin, B.Y. / Tiwari, A. / Shi, G. / Lam, S. / Hayward, L.J. / de Caestecker, M. / Lin, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structural basis of heteromeric smad protein assembly in tgf-Beta signaling
著者: Chacko, B.M. / Qin, B.Y. / Tiwari, A. / Shi, G. / Lam, S. / Hayward, L.J. / De Caestecker, M. / Lin, K.
履歴
登録2004年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mothers against decapentaplegic homolog 3
B: Mothers against decapentaplegic homolog 4
C: Mothers against decapentaplegic homolog 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9953
ポリマ－70,9953
非ポリマー00
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.471, 60.545, 205.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 3 / SMAD 3 / Mothers against DPP homolog 3 / Mad3 / hMAD-3 / JV15-2 / hSMAD3


分子量: 22467.271 Da / 分子数: 2 / 断片: MH2 and Linker domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD3, MADH3 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P84022
#2: タンパク質 Mothers against decapentaplegic homolog 4 / SMAD 4 / Mothers against DPP homolog 4 / Deletion target in pancreatic carcinoma 4 / hSMAD4


分子量: 26060.693 Da / 分子数: 1 / 断片: MH2 and Linker domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMAD4, MADH4, DPC4 / プラスミド: pGEX-4T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q13485
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21031
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C11
回転陽極RIGAKU RU30021.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2003年3月8日mirrors
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2002年8月7日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Ni filter/Osmic mirrorMADMx-ray1
2Ni filter/Osmic mirrorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.54181
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 21793 / Num. obs: 20128 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1110 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHX

1khx


解像度: 2.6→100 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 967 -random
Rwork0.232 ---
all-20128 --
obs-19161 92.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4728 0 0 255 4983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 181 -
Rwork0.232 --
obs-1110 96.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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