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- PDB-1u6z: Structure of an E. coli Exopolyphosphatase: Insight into the proc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u6z
タイトルStructure of an E. coli Exopolyphosphatase: Insight into the processive hydrolysis of polyphosphate and its regulation
要素Exopolyphosphatase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta protein / ASKHA (Acetate and Sugar Kinases / Hsc70 / Actin) superfamily / HD metal dependent phosphohydrolase superfamily / polyphosphate / twenty-nine sulfates
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorus metabolic process / polyphosphate catabolic process / exopolyphosphatase / exopolyphosphatase activity / pyrophosphatase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2260 / Exopolyphosphatase / Pyrophosphatase, GppA/Ppx-type / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / Exopolyphosphatase. Domain 2 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain ...Alpha-Beta Plaits - #2260 / Exopolyphosphatase / Pyrophosphatase, GppA/Ppx-type / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / Exopolyphosphatase. Domain 2 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exopolyphosphatase / Exopolyphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hasson, M.S. / Alvarado, J. / Sanders, D.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Origin of exopolyphosphatase processivity: Fusion of an ASKHA phosphotransferase and a cyclic nucleotide phosphodiesterase homolog.
著者: Alvarado, J. / Ghosh, A. / Janovitz, T. / Jauregui, A. / Hasson, M.S. / Sanders, D.A.
履歴
登録2004年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exopolyphosphatase
B: Exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,21031
ポリマ－116,4242
非ポリマー2,78629
水11,422634
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-418 kcal/mol
Surface area43310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.144, 89.144, 350.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly, a dimer, is present in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Exopolyphosphatase / ExopolyPase / Metaphosphatase


分子量: 58211.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ppx / プラスミド: pET30-a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P29014, UniProt: P0AFL6*PLUS, exopolyphosphatase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: unbuffered 1.6 M ammonium sulfate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月20日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 104035 / Num. obs: 104305 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 8054 / % possible all: 73.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→27.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 3.505 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24156 10531 10.1 %RANDOM
Rwork0.20399 ---
all0.2078 93793 --
obs0.2078 93793 92.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.358 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7939 0 145 634 8718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0218714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.96711865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.28751086
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.34147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.51172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.376
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2751.55248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.52628530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9633466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6114.53335
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.285 562
Rwork0.23 5158
obs-5158
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1767-2.3227-0.7663.0669-1.08932.2545-0.32930.1741-0.8134-0.0288-0.0104-0.17330.3552-0.11010.33980.1749-0.00810.10660.0954-0.08130.36830.60317.202121.615
21.3233-0.607-0.19323.27032.38814.73380.01530.2324-0.0962-0.13780.0144-0.0694-0.01690.3257-0.02960.10840.05430.00570.1892-0.07920.174530.79424.25499.125
31.0308-0.356-0.76481.73540.78543.06090.0483-0.1112-0.08980.0932-0.048-0.03560.09510.0703-0.00030.0037-0.0059-0.01480.0595-0.01770.094116.8841.851139.499
43.0932-0.94180.15911.72590.02551.96950.05190.24580.0455-0.0687-0.12070.054-0.0448-0.05330.06890.04730.0486-0.01440.0794-0.06460.1505-15.33162.855120.645
52.8922-0.5477-0.04140.84010.23052.4899-0.1564-0.10130.32410.10980.02450.0125-0.3292-0.15760.13190.09970.046-0.03610.0644-0.07620.1868-2.62669.641138.381
61.2115-0.4040.2091.62151.81084.0820.09890.0975-0.0277-0.1081-0.06780.0507-0.0203-0.1388-0.0310.11770.0925-0.03090.1025-0.00920.07123.07343.526100.327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 11812 - 118
2X-RAY DIFFRACTION1AA296 - 310296 - 310
3X-RAY DIFFRACTION2AA119 - 295119 - 295
4X-RAY DIFFRACTION3AA311 - 509311 - 509
5X-RAY DIFFRACTION4BB12 - 11812 - 118
6X-RAY DIFFRACTION4BB296 - 310296 - 310
7X-RAY DIFFRACTION5BB119 - 295119 - 295
8X-RAY DIFFRACTION6BB311 - 511311 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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