PDB-1u6e: 1.85 Angstrom Crystal Structure of the C112A Mutant of Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u6e

タイトル

1.85 Angstrom Crystal Structure of the C112A Mutant of Mycobacterium Tuberculosis Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase III (FabH)

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III

キーワード

TRANSFERASE / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III

機能・相同性

機能・相同性情報

mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mussayev, F. / Sachedeva, S. / Scarsdale, J.N. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a substrate complex of Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (FabH) with lauroyl-coenzyme A.
著者: Musayev, F. / Sachdeva, S. / Scarsdale, J.N. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T.

履歴

登録	2004年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u6e.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u6e.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1u6e_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1u6e_full_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示
XML形式データ	1u6e_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	1u6e_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u6sC 1hzpS 1ebl 1hnj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2aj9-d 2qo1-d 2qnx-d 2qny-d 2qo0-d 1hzp-d 6a9n-d 4nhd-2 5uv2-d 3il3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III

ヘテロ分子

69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.263, 109.021, 110.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	ASN	ASN	A	A	10 - 19	20 - 29
2	1	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	10 - 19	20 - 29
3	2	GLU	GLU	THR	THR	A	A	21 - 35	31 - 45
4	2	GLU	GLU	THR	THR	B	B	21 - 35	31 - 45
5	3	THR	THR	ILE	ILE	A	A	37 - 39	47 - 49
6	3	THR	THR	ILE	ILE	B	B	37 - 39	47 - 49
7	4	THR	THR	LEU	LEU	A	A	41 - 63	51 - 73
8	4	THR	THR	LEU	LEU	B	B	41 - 63	51 - 73
9	5	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	65 - 108	75 - 118
10	5	ASN	ASN	LEU	LEU	B	B	65 - 108	75 - 118
11	6	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	110 - 150	120 - 160
12	6	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	110 - 150	120 - 160
13	7	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	152 - 183	162 - 193
14	7	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	152 - 183	162 - 193
15	8	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	185 - 285	195 - 300
16	8	GLN	GLN	ALA	ALA	B	B	185 - 285	195 - 300
17	9	LEU	LEU	MET	MET	A	A	287 - 317	302 - 332
18	9	LEU	LEU	MET	MET	B	B	287 - 317	302 - 332

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / MtFabH 分子量: 34871.324 Da / 分子数: 2 / 変異: C112A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: fabH / プラスミド: PET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 参照: UniProt: P0A574, UniProt: P9WNG3*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M NaCl, 100mM potassium/sodium phosphate 100 mM sodium Mes buffer pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月25日 / 詳細: Osmic Confocal Optics
放射	モノクロメーター: Osmic Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→27 Å / Num. all: 58002 / Num. obs: 56576 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 26.7 Å² / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / R_sym value: 0.135 / % possible all: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1HZP

1hzp

解像度: 1.85→26.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 2.604 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: TLS with residues 1-3172 in each monomer comprising a TLS group
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Used simulated annealing in cns followed by maximum likelihood refinement with TLS on refmac

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20571	5743	10.2 %	RANDOM
R_work	0.18021	-	-	-
obs	0.18277	50770	97.48 %	-
all	-	58002	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.013 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.233 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→26.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4862	0	4	556	5422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.059	1.95	6795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.561	5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.406	1.5	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.779	2	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.277	3	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.089	4.5	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2213 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.15	0.5
medium thermal	0.46	2

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.235	338
R_work	0.205	3041

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3232	0.1313	-0.1604	0.4412	-0.0952	0.4119	-0.0047	-0.0242	-0.0167	-0.0165	-0.0075	-0.0023	0.0496	0.0276	0.0122	0.001	0.0022	-0.006	0.0416	-0.0045	0.0384	21.3295	13.9977	0.4449
2	0.336	-0.0175	-0.0812	0.4912	-0.0032	0.431	-0.0182	-0.0015	-0.0544	-0.0636	-0.0039	0.0207	0.146	-0.0163	0.0221	0.091	-0.0118	-0.001	0.0509	0.0069	0.0615	11.3032	-13.9138	0.3619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-10 - 317	1 - 332
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	-10 - 317	1 - 332

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