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- PDB-1u5y: Crystal structure of murine APRIL, pH 8.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5y
タイトルCrystal structure of murine APRIL, pH 8.0
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13
キーワードCytokine / HORMONE/GROWTH FACTOR / trimer / jelly-roll / TNFSF / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of germinal center formation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of immune response / cytokine activity / external side of plasma membrane ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of germinal center formation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of immune response / cytokine activity / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wallweber, H.J. / Compaan, D.M. / Starovasnik, M.A. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Crystal Structure of A Proliferation-inducing Ligand, APRIL.
著者: Wallweber, H.J. / Compaan, D.M. / Starovasnik, M.A. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2004年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1153
ポリマ－47,1153
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.344, 81.166, 53.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31D
41A
51B
61D
71A
81B
91D
101A
111B
121D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSASNASNAA105 - 1154 - 14
21LYSLYSASNASNBB105 - 1154 - 14
31LYSLYSASNASNDC105 - 1154 - 14
42ASPASPVALVALAA123 - 16522 - 64
52ASPASPVALVALBB123 - 16522 - 64
62ASPASPVALVALDC123 - 16522 - 64
73METMETARGARGAA169 - 18968 - 88
83METMETARGARGBB169 - 18968 - 88
93METMETARGARGDC169 - 18968 - 88
104ALAALALEULEUAA198 - 24197 - 140
114ALAALALEULEUBB198 - 24197 - 140
124ALAALALEULEUDC198 - 24197 - 140
詳細The asymmetric unit contains the biologically relevant trimer

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13 / A proliferation- inducing ligand / APRIL


分子量: 15705.042 Da / 分子数: 3 / 断片: TNF domain of murine APRIL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfsf13, APRIL / プラスミド: pet-32a (modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) / 参照: UniProt: Q9D777
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 1M LiCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月6日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23803 / Num. obs: 23803 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 2034 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: I23 structure of APRIL

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 7.297 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26805 2210 10.7 %Thin Shells
Rwork0.20075 ---
all0.208 20737 --
obs0.20802 20737 94.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.34 Å20 Å20.92 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3139 0 0 81 3220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213212
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9374360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78136824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7865400
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.23514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6642.52002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.06253224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0682.51210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.61351136
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A679medium positional0.280.5
2B679medium positional0.350.5
3D679medium positional0.260.5
1A1110loose positional0.925
2B1110loose positional0.835
3D1110loose positional0.875
1A679medium thermal1.122
2B679medium thermal1.052
3D679medium thermal1.112
1A1110loose thermal3.0210
2B1110loose thermal3.0110
3D1110loose thermal2.5810
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.347 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 133 -
Rwork0.232 1081 -
obs-1081 93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2543-0.11180.09583.9438-0.56892.7785-0.07550.1235-0.333-0.38090.15660.28930.3841-0.2113-0.08110.133-0.0389-0.06860.0601-0.00150.07921.8823-10.5969.5902
23.41981.7172-0.43925.9176-1.5952.02650.3036-0.5015-0.07610.8042-0.3742-0.268-0.12380.22780.07060.1736-0.0566-0.06120.1639-0.00220.034734.1973-2.05226.9825
31.48550.07990.46994.8101-0.18263.39030.12710.01490.21190.17430.1170.6413-0.2278-0.4008-0.24410.05540.03270.06960.08320.02950.200619.729412.010315.246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA105 - 2414 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2BB105 - 2414 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3DC105 - 2414 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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