[日本語] English
万見
- PDB-1u5t: Structure of the ESCRT-II endosomal trafficking complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5t
タイトルStructure of the ESCRT-II endosomal trafficking complex
要素
  • Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p
  • Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
  • appears to be functionally related to SNF7; Snf8p
キーワードTRANSPORT PROTEIN / escrt / endosomal / trafficking / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ESCRT II complex / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ubiquitin binding ...ESCRT II complex / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / ATP export / protein targeting to vacuole / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / ubiquitin binding / macroautophagy / late endosome membrane / lipid binding / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #180 / ESCRT-2 complex, Snf8 / Vacuolar protein-sorting-associated protein 36, NZF-N zinc-finger domain / Vacuolar protein sorting 36 NZF-N zinc-finger domain / "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1 / ESCRT-II complex, Vps25 subunit, N-terminal winged helix / ESCRT-II complex, Vps25 subunit / ESCRT-II complex subunit / Vacuolar protein sorting protein 36, GLUE domain / Vacuolar protein sorting protein 36 ...Helix Hairpins - #180 / ESCRT-2 complex, Snf8 / Vacuolar protein-sorting-associated protein 36, NZF-N zinc-finger domain / Vacuolar protein sorting 36 NZF-N zinc-finger domain / "Winged helix" DNA-binding domain. Chain C. Domain 1 / ESCRT-II complex, Vps25 subunit, N-terminal winged helix / ESCRT-II complex, Vps25 subunit / ESCRT-II complex subunit / Vacuolar protein sorting protein 36, GLUE domain / Vacuolar protein sorting protein 36 / Snf8/Vps36 family / EAP30/Vps36 family / Vacuolar protein sorting protein 36 Vps36 / GLUE domain profile. / Zinc finger domain / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / PH-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein-sorting-associated protein 25 / Vacuolar protein-sorting-associated protein 36 / Vacuolar-sorting protein SNF8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hierro, A. / Sun, J. / Rusnak, A.S. / Kim, J. / Prag, G. / Emr, S.D. / Hurley, J.H.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structure of ESCRT-II endosomal trafficking complex
著者: Hierro, A. / Sun, J. / Rusnak, A.S. / Kim, J. / Prag, G. / Emr, S.D. / Hurley, J.H.
#1: ジャーナル: DEV.CELL / 年: 2004
タイトル: ESCRT-II, an endosome-associated complex required for protein sorting: Crystal structure and interactions with ESCRT-III and membranes
著者: Teo, H. / Perisic, O. / Gonzalez, B. / Williams, R.L.
履歴
登録2004年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: appears to be functionally related to SNF7; Snf8p
B: Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p
C: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region
D: Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8114
ポリマ－93,8114
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.040, 150.040, 185.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

-
要素

#1: タンパク質 appears to be functionally related to SNF7; Snf8p


分子量: 26988.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pST39 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q12483
#2: タンパク質 Defective in vacuolar protein sorting; Vps36p


分子量: 19657.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pST39 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q06696
#3: タンパク質 Hypothetical 23.6 kDa protein in YUH1-URA8 intergenic region


分子量: 23582.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pST39 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P47142

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Naacetate, hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

検出器日付: 2004年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.6→6 Å / Num. all: 44800 / Num. obs: 41210 / % possible obs: 91.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.6→6 Å
Rfactor反射数
Rfree0.2885 4013
Rwork0.2259 -
all0.2362 44800
obs0.2362 41210
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6055 0 0 0 6055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.165
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.557
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it9.3295
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it18.17810
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it15.43610
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it25.15415

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る