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万見
- PDB-1u53: Novel X-Ray Structure of Na-ASP-2, a PR-1 protein from the nemato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u53
タイトルNovel X-Ray Structure of Na-ASP-2, a PR-1 protein from the nematode parasite Necator americanus and a vaccine antigen for human hookworm infection
要素secreted protein ASP-2分泌
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Venom allergen 5-like / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / CAP superfamily ...Venom allergen 5-like / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / CAP superfamily / Cysteine-rich secretory protein family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ancylostoma secreted protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Necator americanus (あめりかこうちゅう)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Asojo, O.A. / Goud, G. / Dhar, K. / Loukas, A. / Zhan, B. / Deumic, V. / Liu, S. / Borgstahl, G.E.O. / Hotez, P.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of Na-ASP-2, a pathogenesis-related-1 protein from the nematode parasite, Necator americanus, and a vaccine antigen for human hookworm infection.
著者: Asojo, O.A. / Goud, G. / Dhar, K. / Loukas, A. / Zhan, B. / Deumic, V. / Liu, S. / Borgstahl, G.E. / Hotez, P.J.
履歴
登録2004年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Remark 999SEQUENCE Author states that this is a polymorph, of all the Na-ASPs cloned and sequenced ...SEQUENCE Author states that this is a polymorph, of all the Na-ASPs cloned and sequenced approxiamtely 50% have a Leu in that site while the others have a Met.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: secreted protein ASP-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2141
ポリマ－21,2141
非ポリマー00
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.890, 51.540, 43.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 secreted protein ASP-2 / 分泌


分子量: 21214.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Necator americanus (あめりかこうちゅう)
発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q7Z1H1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Imidazole, 40% PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月16日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→40 Å / Num. obs: 17644 / % possible obs: 80.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 1.74 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 10.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.55 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22355 938 5.3 %RANDOM
Rwork0.17511 ---
obs0.17777 16702 80.99 %-
all-17643 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 18.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0.32 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1446 0 0 201 1647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.9541972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.1965192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66426.09464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97315273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.884154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.3717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.51022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.5306
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3090.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.544
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7212979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33231489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2162573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2253483
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.563→1.604 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 11 -
Rwork0.279 133 -
obs--9.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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