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- PDB-1u4d: Structure of the ACK1 Kinase Domain bound to Debromohymenialdisine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u4d
タイトルStructure of the ACK1 Kinase Domain bound to Debromohymenialdisine
要素Activated CDC42 kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Tyrosine Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / phosphorylation / clathrin-coated vesicle / Signaling by LTK / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / WW domain binding ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / cytoophidium / GTPase inhibitor activity / phosphorylation / clathrin-coated vesicle / Signaling by LTK / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / WW domain binding / small GTPase-mediated signal transduction / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / adherens junction / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / endocytosis / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / : / SAM domain-like / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEBROMOHYMENIALDISINE / Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lougheed, J.C. / Chen, R.H. / Mak, P. / Stout, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of the Phosphorylated and Unphosphorylated Kinase Domains of the Cdc42-associated Tyrosine Kinase ACK1.
著者: Lougheed, J.C. / Chen, R.H. / Mak, P. / Stout, T.J.
履歴
登録2004年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated CDC42 kinase 1
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6425
ポリマ－66,1162
非ポリマー5263
水2,828157
1
A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3032
ポリマ－33,0581
非ポリマー2451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3393
ポリマ－33,0581
非ポリマー2812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.552, 42.918, 85.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Activated CDC42 kinase 1 / ACK-1


分子量: 33058.047 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf-9 / 参照: UniProt: Q07912, EC: 2.7.1.112
#2: 化合物 ChemComp-DBQ / DEBROMOHYMENIALDISINE / 4-[(2-アミノ-1,5-ジヒドロ-5-オキソ-4H-イミダゾ-ル)-4-イリデン]-4,5,6,7-テトラヒドロピ(以下略)


分子量: 245.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11N5O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: PEG 2000, sodium chloride, magnesium chloride, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.6 Å / Num. obs: 32292 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE 1U46

1u46


解像度: 2.1→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.571 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1621 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 30671 99.7 %-
all-32292 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å20 Å2-2.1 Å2
2--2.34 Å20 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4168 0 37 157 4362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.811.9695821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92739208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8715513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.24411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22516
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.320.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0261.52584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85224155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41431720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8294.51666
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.325 117
Rwork0.247 2207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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