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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u4c | ||||||
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タイトル | Structure of spindle checkpoint protein Bub3 | ||||||
要素 | Cell cycle arrest protein BUB3 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / WD40 protein / WD-40 protein / beta propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bub1-bub3 complex / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / mitotic DNA integrity checkpoint signaling / mitotic checkpoint complex / positive regulation of protein autoubiquitination / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / ubiquitin binding / kinetochore / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Larsen, N.A. / Harrison, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the spindle assembly checkpoint protein Bub3 著者: Larsen, N.A. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u4c.cif.gz | 141.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u4c.ent.gz | 117.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u4c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1u4c_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1u4c_full_validation.pdf.gz | 483.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1u4c_validation.xml.gz | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1u4c_validation.cif.gz | 48.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39695.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BUB3 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) / 参照: UniProt: P26449 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% PEG 3350, 100mM citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97945, 0.97958, 0.9200 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.35→40 Å / Num. all: 55100 / Num. obs: 52125 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1.3 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 19 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 93.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.6 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→40 Å
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拘束条件 |
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