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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u4b | |||||||||
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タイトル | Extension of an adenine-8oxoguanine mismatch | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase I / DNA replication / klenow fragment / protein-DNA complex / 8oxoguanine / DNA lesion / translation replication / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Hsu, G.W. / Ober, M. / Carell, T. / Beese, L.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2004 タイトル: Error-prone replication of oxidatively damaged DNA by a high-fidelity DNA polymerase. 著者: Hsu, G.W. / Ober, M. / Carell, T. / Beese, L.S. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004 タイトル: Structures of Mismatch Replication Errors Observed in a DNA Polymerase 著者: Johnson, S.J. / Beese, L.S. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Processive DNA synthesis observed in a polymerase crystal suggests a mechanism for the prevention of frameshift mutations 著者: Johnson, S.J. / Taylor, J.S. / Beese, L.S. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Visualizing DNA replication in a catalytically active Bacillus DNA polymerase crystal 著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Braman, J.C. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u4b.cif.gz | 161 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u4b.ent.gz | 118.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1u4b_validation.pdf.gz | 894.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1u4b_full_validation.pdf.gz | 903.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1u4b_validation.xml.gz | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1u4b_validation.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Exists as a monomer. One molecule per asymmetric unit |
-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#1: DNA鎖 | 分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4625.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 66114.742 Da / 分子数: 1 / Fragment: analogous to the E. coli klenow fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: see remark 400 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) プラスミド: pet-30A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PlysS / 参照: UniProt: P52026, DNA-directed DNA polymerase |
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#4: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose |
-非ポリマー , 3種, 596分子
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: Ammonium Sulfate, Magnesium Sulfate, MPD, MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月10日 詳細: Elliptically bent mirror/sagittal focusing second monochromator crystal |
放射 | モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→40.75 Å / Num. all: 114192 / Num. obs: 114192 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 1L3S 解像度: 1.6→40.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 355920.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The magnesium at position 920 was assigned due to the low refined b-factor and comparison with a related klentaq polymerase structure (3KTQ). However, the resolution of the structure prevents ...詳細: The magnesium at position 920 was assigned due to the low refined b-factor and comparison with a related klentaq polymerase structure (3KTQ). However, the resolution of the structure prevents a definitive assignment between water and magnesium.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.5119 Å2 / ksol: 0.396565 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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