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万見
- PDB-1u3c: Crystal Structure of the PHR domain of Cryptochrome 1 from Arabid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u3c
タイトルCrystal Structure of the PHR domain of Cryptochrome 1 from Arabidopsis thaliana
要素Cryptochrome 1 apoprotein
キーワードSIGNALING PROTEIN / photolyase / AMPPNP
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of light stimulus / photoprotection / singlet oxygen-mediated programmed cell death / negative regulation of lateral root development / positive regulation of shade avoidance / positive regulation of systemic acquired resistance / regulation of secondary cell wall biogenesis / regulation of unidimensional cell growth / plant organ development / response to red light ...detection of light stimulus / photoprotection / singlet oxygen-mediated programmed cell death / negative regulation of lateral root development / positive regulation of shade avoidance / positive regulation of systemic acquired resistance / regulation of secondary cell wall biogenesis / regulation of unidimensional cell growth / plant organ development / response to red light / auxin transport / flavin adenine dinucleotide metabolic process / response to absence of light / circadian regulation of calcium ion oscillation / anthocyanin-containing compound metabolic process / response to strigolactone / regulation of meristem growth / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / regulation of leaf morphogenesis / blue light signaling pathway / positive regulation of anion channel activity / response to far red light / response to magnetism / phototropism / response to high light intensity / photomorphogenesis / stomatal movement / positive regulation of defense response to bacterium / response to blue light / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / blue light photoreceptor activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / response to water deprivation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to temperature stimulus / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to light stimulus / FAD binding / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / defense response / circadian rhythm / kinase activity / regulation of gene expression / protein autophosphorylation / nuclear body / protein kinase activity / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 ...Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / HEXANE-1,6-DIOL / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Smith, B.S. / Ma, Z. / Palnitkar, M. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Deisenhofer, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structure of the photolyase-like domain of cryptochrome 1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Brautigam, C.A. / Smith, B.S. / Ma, Z. / Palnitkar, M. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Deisenhofer, J.
履歴
登録2004年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome 1 apoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8078
ポリマ－57,6001
非ポリマー1,2077
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.430, 169.430, 104.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cryptochrome 1 apoprotein / Blue light photoreceptor


分子量: 57599.879 Da / 分子数: 1 / 断片: PHR domain, residues 1-509 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CRY1 / プラスミド: PMAL-C2-ATCRY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43125

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非ポリマー , 6種, 75分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-NDS / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE


分子量: 195.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3S
#6: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 309 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: glycerol, MES, sulfobetaine-195, 1,6-hexanediol, sodium, potassium tartrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 309K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月21日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator, Si-111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 26452 / Num. obs: 26452 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2627 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: E.coli DNA photolyase, pdb entry 1DNP

1dnp


解像度: 2.6→34.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 200699.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: If no electron density was observed for the side chain of a residue, the occupancy for the side-chain atoms was set to 0.00.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2477 9.9 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.21 25083 --
obs0.205 25083 90.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.9863 Å2 / ksol: 0.333542 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.79 Å211.91 Å20 Å2
2--8.79 Å20 Å2
3----17.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3941 0 85 68 4094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 395 10.6 %
Rwork0.339 3340 -
obs--82.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4FAD_RIBITOL_DRG.PARAMFAD_RIBITOL_DRG.TOP
X-RAY DIFFRACTION5SB195_DRG.PARAMSB195_DRG.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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