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- PDB-1u2w: Crystal Structure of the Staphylococcus aureus pI258 CadC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u2w
タイトルCrystal Structure of the Staphylococcus aureus pI258 CadC
要素Cadmium efflux system accessory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / cadmium / lead / repressor / soft metal ion resistance / ArsR/SmtB family
機能・相同性
機能・相同性情報


response to cadmium ion / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ArsR-type transcription regulator, HTH motif / Bacterial regulatory proteins, arsR family signature. / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...ArsR-type transcription regulator, HTH motif / Bacterial regulatory proteins, arsR family signature. / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cadmium resistance transcriptional regulatory protein CadC
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ye, J. / Kandegedara, A. / Martin, P. / Rosen, B.P.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the Staphylococcus aureus pI258 CadC Cd(II)/Pb(II)/Zn(II)-responsive repressor
著者: Ye, J. / Kandegedara, A. / Martin, P. / Rosen, B.P.
履歴
登録2004年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadmium efflux system accessory protein
B: Cadmium efflux system accessory protein
C: Cadmium efflux system accessory protein
D: Cadmium efflux system accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2127
ポリマ－55,0164
非ポリマー1963
水8,467470
1
A: Cadmium efflux system accessory protein
B: Cadmium efflux system accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6394
ポリマ－27,5082
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
2
C: Cadmium efflux system accessory protein
D: Cadmium efflux system accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5733
ポリマ－27,5082
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.536, 116.536, 41.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細The biological assembly is a dimer consisting Chain A and B or Chain C and D.

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要素

#1: タンパク質
Cadmium efflux system accessory protein / CadC repressor


分子量: 13753.957 Da / 分子数: 4 / 変異: C11G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cadC / プラスミド: pYSCM2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20047
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, methanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9000, 0.9795, 0.9793, 0.9563
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.97951
30.97931
40.95631
反射解像度: 1.9→119 Å / Num. all: 44819 / Num. obs: 40693 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 7.475 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26112 2152 5 %RANDOM
Rwork0.20496 ---
all0.236 44819 --
obs0.20774 40693 95.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3151 0 3 470 3624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9594281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1545398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7825.168149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.24315607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7191519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22279
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.160.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2611.52055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99623193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39431246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9624.51088
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 165 -
Rwork0.278 3039 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46360.0390.25280.46430.60062.0697-0.0683-0.0010.0519-0.13760.01320.0806-0.8340.05970.0550.15740.0297-0.0164-0.16480.0316-0.024229.70147.4260.813
21.2415-0.5715-1.40481.37510.94934.918-0.09430.0328-0.07110.19190.0878-0.0879-0.17150.55550.0065-0.0423-0.0322-0.0146-0.0420.0338-0.004236.69635.82-1.513
31.5358-0.83921.94741.5708-1.54376.21430.42250.1875-0.2326-0.15210.00240.13921.43990.198-0.42490.19160.0374-0.0949-0.1188-0.06470.034827.5313.247-20.916
40.4404-0.5831-0.28652.2964-1.79963.30060.03490.1103-0.17910.05740.29510.29840.4095-0.5713-0.3301-0.1201-0.08880.0316-0.05990.07470.060317.31525.215-23.536
50.0005-0.00040.00010.0004-0.00020.0005000-0.00010-0.00010000.0001-0.00010.0001-0.0002-0.0001-0.000220.68546.891-5.026
62.52440.1541-1.24330.0484-0.21781.12850.15861.044-0.41931.042-0.019-0.26070.5598-0.6145-0.13950.03020.05590.0356-0.08840.04710.01630.13430.1414.33
70.88580.5573-0.31560.5799-0.13220.13170.0090.27870.1937-0.01950.06720.14630.09280.2213-0.07620.07320.08170.01270.0572-0.030.003223.70630.569-16.301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 11911 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 11711 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3CC17 - 11417 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4DD11 - 11811 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5AE5011
6X-RAY DIFFRACTION6BF5021
7X-RAY DIFFRACTION7CG5031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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