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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u2e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the C-C bond hydrolase MhpC | ||||||
![]() | 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase / 2-hydroxy-6-oxonona-2,4,7-trienedioate hydrolase activity / 3-(3-hydroxy)phenylpropionate catabolic process / 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / : / hydrolase activity / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Montgomery, M.G. / Dunn, G. / Mohammed, F. / Robertson, T. / Garcia, J.-L. / Coker, A. / Bugg, T.D.H. / Wood, S.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of the C-C Bond Hydrolase MhpC Provides Insights into its Catalytic Mechanism 著者: Dunn, G. / Montgomery, M.G. / Mohammed, F. / Coker, A. / Cooper, J.B. / Robertson, T. / Garcia, J.-L. / Bugg, T.D.H. / Wood, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32105.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: MPD, PEG 8000, Tris, Calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 73037 / Num. obs: 71688 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4674 / % possible all: 72.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MAD structure of MhpC 解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: Free-R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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