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万見
- PDB-1u2c: Crystal Structure of a-dystroglycan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u2c
タイトルCrystal Structure of a-dystroglycan
要素Dystroglycan
キーワードPROTEIN BINDING / IG-like domain / S6 like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


O-linked glycosylation / dystroglycan complex / nerve maturation / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / contractile ring / calcium-dependent cell-matrix adhesion / morphogenesis of an epithelial sheet / microtubule anchoring / laminin-1 binding ...O-linked glycosylation / dystroglycan complex / nerve maturation / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / contractile ring / calcium-dependent cell-matrix adhesion / morphogenesis of an epithelial sheet / microtubule anchoring / laminin-1 binding / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / photoreceptor ribbon synapse / basement membrane organization / dystroglycan binding / positive regulation of myelination / cellular response to cholesterol / vinculin binding / branching involved in salivary gland morphogenesis / skeletal muscle tissue regeneration / costamere / commissural neuron axon guidance / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / angiogenesis involved in wound healing / axon regeneration / structural constituent of muscle / positive regulation of cell-matrix adhesion / response to muscle activity / regulation of synapse organization / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / alpha-actinin binding / membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / basement membrane / plasma membrane raft / postsynaptic cytosol / Schwann cell development / heart morphogenesis / laminin binding / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / tubulin binding / SH2 domain binding / nuclear periphery / negative regulation of cell migration / adherens junction / filopodium / cellular response to mechanical stimulus / response to peptide hormone / sarcolemma / GABA-ergic synapse / regulation of synaptic plasticity / cell-cell junction / protein transport / lamellipodium / heart development / virus receptor activity / actin binding / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / cytoskeleton / postsynapse / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / calcium ion binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dystroglycan, domain 2 / Dystroglycan-type cadherin-like / Dystroglycan, C-terminal / Alpha-dystroglycan domain 2 / DG-type SEA domain / Alpha-dystroglycan N-terminal domain 2 / Dystroglycan (Dystrophin-associated glycoprotein 1) / Alpha-Dystroglycan N-terminal domain 2 / DG-type SEA domain profile. / Dystroglycan-type cadherin-like domains. ...Dystroglycan, domain 2 / Dystroglycan-type cadherin-like / Dystroglycan, C-terminal / Alpha-dystroglycan domain 2 / DG-type SEA domain / Alpha-dystroglycan N-terminal domain 2 / Dystroglycan (Dystrophin-associated glycoprotein 1) / Alpha-Dystroglycan N-terminal domain 2 / DG-type SEA domain profile. / Dystroglycan-type cadherin-like domains. / Putative Ig domain / Cadherin-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bozic, D. / Sciandra, F. / Lamba, D. / Brancaccio, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Structure of the N-terminal Region of Murine Skeletal Muscle {alpha}-Dystroglycan Discloses a Modular Architecture
著者: Bozic, D. / Sciandra, F. / Lamba, D. / Brancaccio, A.
履歴
登録2004年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dystroglycan


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2271
ポリマ－26,2271
非ポリマー00
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.445, 71.445, 144.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Dystroglycan / alpha-dystroglycan


分子量: 26226.779 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 58-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62165
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.72 Å / Num. all: 11584 / Num. obs: 11584 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 29 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→35.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 259321.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1195 10.3 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 11584 94.8 %-
all-11584 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.5021 Å2 / ksol: 0.32933 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.54 Å26.17 Å20 Å2
2--6.54 Å20 Å2
3----13.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 0 199 1905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 194 10.6 %
Rwork0.238 1628 -
obs--89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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