PDB-1u20: Crystal Structure of Xenopus laevis nudix hydrolase nuclear SnoRN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u20

タイトル

Crystal Structure of Xenopus laevis nudix hydrolase nuclear SnoRNA decapping Protein X29

要素

U8 snoRNA-binding protein X29

キーワード

HYDROLASE / modified Nudix hydrolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / negative regulation of rRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Scarsdale, J.N. / Peculis, B.A. / Wright, H.T.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Xenopus laevis nudix hydrolase nuclear SnoRNA decapping Protein X29
著者: Scarsdale, J.N. / Peculis, B.A. / Wright, H.T.

履歴

登録	2004年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u20.cif.gz	92.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u20.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1u20_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1u20_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	1u20_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	1u20_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/1u20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/1u20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a8p-d 2a8s-d 2a8r-d 6za6-2 2a8t-d 3dgv-2 4qfu-1 6gm7-d 5tz3-1 3lx4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: U8 snoRNA-binding protein X29

B: U8 snoRNA-binding protein X29

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.188, 82.990, 111.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	U8 snoRNA-binding protein X29 分子量: 24390.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6TEC1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.68 詳細: 0.025 M HEPES, 3.75% PEG 6000, pH 7.68, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月20日 / 詳細: Osmic Confocal optics
放射	モノクロメーター: Osmic confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→26.8 Å / Num. all: 27307 / Num. obs: 27224 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.3 Å² / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.355 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.1→26.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 4.772 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25421	2701	9.9 %	RANDOM
R_work	0.20404	-	-	-
obs	0.20881	24464	99.68 %	-
all	-	27273	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.719 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.287 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3037	0	11	186	3234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.108	1.98	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.771	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.078	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.86	1.5	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.603	2	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.084	3	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.498	4.5	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	218
R_work	0.241	1717

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.957	-0.1612	0.1681	1.2939	0.0688	1.4936	0.0696	-0.194	0.1261	0.1947	-0.1238	-0.0756	-0.0856	-0.0914	0.0542	0.0402	-0.0369	0.0125	0.0344	-0.0158	0.048	23.5099	40.4799	6.2343
2	0.5715	0.0284	-0.2185	1.3846	0.2873	1.1739	0.057	0.0969	-0.0033	-0.1251	-0.0896	-0.0302	-0.0001	-0.0779	0.0326	0.0422	0.0232	0.0253	0.0281	0.0181	0.0409	22.783	35.3013	-17.0434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 209	33 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	33 - 208	33 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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