PDB-1u1e: Structure of e. coli uridine phosphorylase complexed to 5(phenyls...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u1e

タイトル

Structure of e. coli uridine phosphorylase complexed to 5(phenylseleno)acyclouridine (PSAU)

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / PYRIMIDINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / URIDINE SALVAGE / PSAU / 5-(PHENYLSELENO)ACYCLOURIDINE

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP catabolic process / uridine catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Bu, W. / Settembre, E.C. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structural basis for inhibition of Escherichia coli uridine phosphorylase by 5-substituted acyclouridines.
著者: Bu, W. / Settembre, E.C. / el Kouni, M.H. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2004年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u1e.cif.gz	296.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u1e.ent.gz	238.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u1cC 1u1dC 1u1fC 1u1gC 1tgv 1tgw PDB 未公開エントリ 1tgy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rxc-1 2oec-d 1u1f-d 5c80-d 1u1c-d 4k6o-d 1rxu-2 2rj3-d 1tgy-1 5epu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.076, 125.690, 140.899
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 90 - 220 / Label seq-ID: 93 - 223

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / E.C.2.4.2.3 / UrdPase / UPase 分子量: 27471.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP, B3831 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-182 / 1-((2-HYDROXYETHOXY)METHYL)-5-(PHENYLSELANYL)PYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 5-(フェニルセレニル)アシクロウリジン分子量: 341.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₄N₂O₄Se
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 4000, MES, GLYCEROL, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 108334 / Num. obs: 108334 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
MOSFLM		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.001→48.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 5.452 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23452	10622	10.1 %	RANDOM
R_work	0.21113	-	-	-
all	0.21351	94774	-	-
obs	0.21351	94774	97.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11273	0	153	527	11953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	11615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.892	1.962	15777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.773	5	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.163	0.2	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.092	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.116	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.087	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.126	1.5	7459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.24	2	12010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.386	3	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.657	4.5	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 964 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.29	5
2	B	loose positional	0.2	5
3	C	loose positional	0.17	5
4	D	loose positional	0.13	5
5	E	loose positional	0.14	5
6	F	loose positional	0.17	5
1	A	loose thermal	0.66	10
2	B	loose thermal	0.52	10
3	C	loose thermal	0.5	10
4	D	loose thermal	0.45	10
5	E	loose thermal	0.47	10
6	F	loose thermal	0.51	10

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.297	659
R_work	0.273	5884

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7004	0.1991	0.1581	1.2263	0.1791	0.961	0.0899	-0.5696	-0.7858	0.1802	-0.0506	-0.2021	0.144	-0.0704	-0.0393	0.1349	-0.0202	-0.0315	0.3618	0.398	0.5624	3.7054	98.3459	77.5989
2	2.9179	-0.1229	0.1214	1.2363	-0.2896	1.2093	-0.0062	0.1448	-1.0323	-0.2386	0.0638	0.0597	0.1904	-0.065	-0.0576	0.1827	-0.0252	-0.0016	0.094	0.013	0.4592	0.8104	101.8398	52.8327
3	2.0964	0.3396	0.3206	2.454	0.1093	1.114	0.0665	-1.2375	-0.2342	0.7122	-0.097	0.0482	-0.1	-0.4552	0.0305	0.38	0.0309	-0.0037	0.9156	0.2132	0.1688	-3.5135	121.9918	96.525
4	2.1988	0.3012	0.3834	1.7313	-0.2788	1.8138	-0.2182	-0.9897	0.4863	0.4865	0.0607	0.0088	-0.4984	-0.2582	0.1575	0.4392	0.1891	-0.0956	0.616	-0.2325	0.2137	-0.4221	145.713	87.7037
5	2.0107	0.0841	-0.0236	1.605	-0.4012	1.7812	-0.2026	-0.0687	0.5366	-0.0877	0.1144	0.1591	-0.4454	-0.1414	0.0882	0.3245	0.0266	-0.1184	0.1274	-0.0282	0.2185	-3.1931	150.1249	56.9656
6	1.6752	-0.506	0.7079	2.0732	-0.5704	1.4529	-0.1082	0.3022	0.0244	-0.4705	0.0015	-0.142	-0.0957	0.25	0.1067	0.2895	-0.0644	-0.0034	0.1303	0.0311	0.1048	3.518	130.855	41.7391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 253	4 - 256
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 253	6 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 253	7 - 256
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 253	7 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 253	6 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	4 - 253	7 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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