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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u10 | ||||||
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タイトル | MEPA, active form with ZN in P1 | ||||||
![]() | Penicillin-insensitive murein endopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / LAS enzyme / metallopeptidase / peptidoglycan hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidoglycan metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / peptidoglycan biosynthetic process / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / response to xenobiotic stimulus / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marcyjaniak, M. / Odintsov, S.G. / Sabala, I. / Bochtler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Peptidoglycan amidase MepA is a LAS metallopeptidase 著者: Marcyjaniak, M. / Odintsov, S.G. / Sabala, I. / Bochtler, M. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004 タイトル: Similar active sites in lysostaphins and D-Ala-D-Ala metallopeptidases 著者: Bochtler, M. / Odintsov, S.G. / Marcyjaniak, M. / Sabala, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 233.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 493.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 518.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Dimer in three different crystal forms. Oligomeric state in solution not characterized. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28612.814 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 % 解説: The number of reflections reported here include anomalous data. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, MES, PEG monomethyl ether 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月27日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 103423 / Num. obs: 103423 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 14.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4917 / Rsym value: 0.151 / % possible all: 93.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MAD combined with molecular replacement 開始モデル: MepA in the P21 form (1TZP) 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.918 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.954 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
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