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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u0q | |||||||||
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タイトル | Structure of a Llama VHH domain raised against a carbazole molecule | |||||||||
要素 | immunoglobulin heavy chain variable domain | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin domain | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Cambillau, C. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Verrips, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal Structure of a Llama VHH Domain Raised Against a Carbazole Hapten 著者: Cambillau, C. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Verrips, T. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited into any sequence database. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u0q.cif.gz | 60.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u0q.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u0q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1u0q_validation.pdf.gz | 419 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1u0q_full_validation.pdf.gz | 420.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1u0q_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1u0q_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/1u0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/1u0q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13690.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG 5000 30%, AmSO4 200mM, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.988 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月5日 / 詳細: miror |
放射 | モノクロメーター: miror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→29 Å / Num. all: 28590 / Num. obs: 28590 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 63 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→29 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å /
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Xplor file |
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