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万見
- PDB-1u0k: The structure of a Predicted Epimerase PA4716 from Pseudomonas ae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u0k
タイトルThe structure of a Predicted Epimerase PA4716 from Pseudomonas aeruginosa
要素gene product PA4716
キーワードstructural genomics / unknown function / sctructural genomics / MCSG / Pseudomonas aeruginosa / protein structure initiative / PSI / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / isomerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis PhzF protein / Phenazine biosynthesis-like protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Ginell, S.L. / Rotella, F.J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of hypothetical protein PA4716 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Cuff, M.E. / Ginell, S.J. / Rotella, F.J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn
Item: _audit_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gene product PA4716
B: gene product PA4716


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7292
ポリマ－62,7292
非ポリマー00
水16,448913
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.778, 69.477, 94.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 gene product PA4716


分子量: 31364.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4716 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HV82
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: di-Ammonium Citrate, PEG 3350, sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97959 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月19日 / 詳細: SBC2
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 75759 / Num. obs: 75759 / % possible obs: 98.18 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 5.74 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
autoSHARP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.273 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18867 4008 5 %RANDOM
Rwork0.16718 ---
all0.16827 77163 --
obs0.16827 75759 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.202 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0.17 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4349 0 0 913 5262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.9516055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76139364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4645564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.24975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.22797
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1230.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3050.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7171.52805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37524433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02231650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3834.51622
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.245 288
Rwork0.214 5573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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