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万見
- PDB-1u00: HscA substrate binding domain complexed with the IscU recognition... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u00
タイトルHscA substrate binding domain complexed with the IscU recognition peptide ELPPVKIHC
要素
  • Chaperone protein hscA
  • IscU recognition peptide
キーワードCHAPERONE / HscA / Hsc66 / DnaK / Hsp70 / IscU
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster transfer complex / iron-sulfur cluster assembly / cellular response to cold / : / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein refolding ...iron-sulfur cluster transfer complex / iron-sulfur cluster assembly / cellular response to cold / : / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding / unfolded protein binding / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ISC system FeS cluster assembly, HscA chaperone / HscA chaperone, nucleotide-binding domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily ...ISC system FeS cluster assembly, HscA chaperone / HscA chaperone, nucleotide-binding domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein HscA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Cupp-Vickery, J.R. / Peterson, J.C. / Ta, D.T. / Vickery, L.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Molecular Chaperone HscA Substrate Binding Domain Complexed with the IscU Recognition Peptide ELPPVKIHC.
著者: Cupp-Vickery, J.R. / Peterson, J.C. / Ta, D.T. / Vickery, L.E.
履歴
登録2004年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein hscA
P: IscU recognition peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4532
ポリマ－25,4532
非ポリマー00
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.761, 83.340, 128.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein hscA / Hsc66


分子量: 24415.682 Da / 分子数: 1 / 断片: HscA substrate binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hscA / プラスミド: pTrc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Z1
#2: タンパク質・ペプチド IscU recognition peptide


分子量: 1037.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: potassium sodium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→70 Å / Num. obs: 24950 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1609 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DnaK beta subdomain

解像度: 1.95→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.65 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21038 2524 10.1 %RANDOM
Rwork0.17436 ---
all0.1779 ---
obs0.1779 22426 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 0 259 1997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0211757
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1081.9592379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02533836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9615234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2910.21810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0980.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3490.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2710.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4511.51172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54921865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3133585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2124.5514
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 196
Rwork0.204 1609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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