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万見
- PDB-1tz5: [pNPY19-23]-hPP bound to DPC Micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tz5
タイトル[pNPY19-23]-hPP bound to DPC Micelles
要素Pancreatic prohormone,neuropeptide Y,Pancreatic prohormone
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / NPY-PP Chimera / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of appetite / neuropeptide Y receptor binding / adult feeding behavior / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / neuronal dense core vesicle / protein secretion / neuropeptide signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor binding ...positive regulation of appetite / neuropeptide Y receptor binding / adult feeding behavior / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / neuronal dense core vesicle / protein secretion / neuropeptide signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor binding / hormone activity / G alpha (i) signalling events / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pancreatic hormone-like / Pancreatic hormone-like, conserved site / Pancreatic hormone peptide / Pancreatic hormone family signature. / Pancreatic hormone family profile. / Pancreatic hormones / neuropeptide F / peptide YY family
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic polypeptide prohormone / Pro-neuropeptide Y
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics, refinement in AMBER6
データ登録者Lerch, M. / Kamimori, H. / Folkers, G. / Aguilar, M.I. / Beck-Sickinger, A.G. / Zerbe, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Strongly Altered Receptor Binding Properties in PP and NPY Chimeras Are Accompanied by Changes in Structure and Membrane Binding
著者: Lerch, M. / Kamimori, H. / Folkers, G. / Aguilar, M.I. / Beck-Sickinger, A.G. / Zerbe, O.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pancreatic prohormone,neuropeptide Y,Pancreatic prohormone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2781
ポリマ－4,2781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area100 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4720 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pancreatic prohormone,neuropeptide Y,Pancreatic prohormone / Pancreatic polypeptide / PP


分子量: 4277.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Sus scrofa (ブタ)
属: Homo, Sus / 生物種: , / 遺伝子: PPY, PNP, NPY / プラスミド: PUBK19-[pNPY19-23]-hPP-G / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01298, UniProt: P01304
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM [pNPY19-23]-hPP; 90% H2O, 10% D2O300mM D-38 DPC
22mM [pNPY19-23]-hPP; 99% D2O300mM D-38 DPC
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6collection
XwinNMR2.6解析
XEASY1.53Bartelsデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics, refinement in AMBER6 / ソフトェア番号: 1
詳細: further refinement using the program AMBER (explicit solvent)
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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