[日本語] English
万見
- PDB-1tyj: Crystal Structure Analysis of type II Cohesin A11 from Bacteroide... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tyj
タイトルCrystal Structure Analysis of type II Cohesin A11 from Bacteroides cellulosolvens
要素cellulosomal scaffoldin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta sandwich / dockerin-binding module / alpha helix / flaps
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Dockerin domain / Dockerin domain profile. ...Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHANOL / : / Cellulosomal scaffoldin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides cellulosolvens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Noach, I. / Frolow, F. / Jakoby, H. / Rosenheck, S. / Shimon, L.J.W. / Lamed, R. / Bayer, E.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a type-II cohesin module from the Bacteroides cellulosolvens cellulosome reveals novel and distinctive secondary structural elements
著者: Noach, I. / Frolow, F. / Jakoby, H. / Rosenheck, S. / Shimon, L.J.W. / Lamed, R. / Bayer, E.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Preliminary X-ray characterization and phasing of a type II cohesin domain from the cellulosome of Acetivibrio cellulolyticus
著者: Noach, I. / Lamed, R. / Xu, Q. / Rosenheck, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Frolow, F.
履歴
登録2004年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cellulosomal scaffoldin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0127
ポリマ－18,6701
非ポリマー3426
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.459, 96.708, 110.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The asymmetric unit of the crystal structure contains a single biological unit

-
要素

#1: タンパク質 cellulosomal scaffoldin


分子量: 18669.943 Da / 分子数: 1 / 断片: type-II cohesin domain 11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides cellulosolvens (バクテリア)
遺伝子: CipBc(ScaA) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): cellulosome / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 34223562, UniProt: Q9FDJ9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris hydrochloride, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→72.55 Å / Num. all: 26333 / Num. obs: 26333 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.94 % / Biso Wilson estimate: 19.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1739 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QZN

1qzn


解像度: 1.6→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.427 / SU ML: 0.05 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19775 1321 5 %RANDOM
Rwork0.16804 ---
all0.16956 25012 --
obs0.16956 25012 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3 Å20 Å20 Å2
2---1.68 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1326 0 20 231 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9541843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8055169
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021014
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1061.5842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82421365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6533526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0744.5478
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.38721368
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.9992231
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.50821346
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 86 -
Rwork0.273 1739 -
obs--93.5 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る