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万見
- PDB-1txp: Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein (hnRNP) C Oligomerization... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1txp
タイトルHeterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein (hnRNP) C Oligomerization Domain Tetramer
要素Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Antiparallel Four Helix Coiled Coil Tetramer hnRNPC
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin remodeling => GO:0006338 / RNA metabolic process / chromatin => GO:0000785 / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / poly(U) RNA binding / telomerase holoenzyme complex / SUMOylation of RNA binding proteins / telomerase RNA binding / RHOBTB1 GTPase cycle / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization ...chromatin remodeling => GO:0006338 / RNA metabolic process / chromatin => GO:0000785 / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / poly(U) RNA binding / telomerase holoenzyme complex / SUMOylation of RNA binding proteins / telomerase RNA binding / RHOBTB1 GTPase cycle / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / RHOBTB2 GTPase cycle / nucleosomal DNA binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / actin cytoskeleton / chromatin remodeling / chromatin / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2 / Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins C1/C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Whitson, S.R. / Lestourgeon, W.M. / Krezel, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of the Symmetric Coiled Coil Tetramer Formed by the Oligomerization Domain of hnRNP C: Implications for Biological Function.
著者: Whitson, S.R. / Lestourgeon, W.M. / Krezel, A.M.
履歴
登録2004年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C protein
B: Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C protein
C: Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C protein
D: Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2644
ポリマ－13,2644
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C protein / hnRNP C


分子量: 3315.893 Da / 分子数: 4 / 断片: Oligomerization Domain / 変異: L180I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HnRNP C1 / プラスミド: pET32(LIC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86U45, UniProt: P07910*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM monomer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM 15N-monomer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
32 mM 15N/13C-monomer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0 mM NaCl / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3Bruker softwarecollection
XwinNMR3Bruker software解析
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
CYANA1.0.6Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on 1628 total constraints, including 1308 NOE-derived distance constraints, 244 dihedral angle restraints and 76 hydrogen bond distance restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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