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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1txl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of metal-binding protein yodA from E. coli, Pfam DUF149 | ||||||
![]() | Metal-binding protein yodA | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / yodA / E.coli / new fold / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to zinc ion starvation / intracellular zinc ion homeostasis / cadmium ion binding / cellular response to cadmium ion / cellular response to hydrogen peroxide / outer membrane-bounded periplasmic space / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eswaramoorthy, S. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein yodA 著者: Eswaramoorthy, S. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 369.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24664.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG 1500, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.69→50 Å / Num. all: 20672 / Num. obs: 20672 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 44.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Num. unique all: 1584 / % possible all: 73.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: A Zn atom coordinating to HIS166, HIS175 and HIS177 has been located in the putative active-site cavity. Followed by Zn, continuous electron density has been observed. This density could ...詳細: A Zn atom coordinating to HIS166, HIS175 and HIS177 has been located in the putative active-site cavity. Followed by Zn, continuous electron density has been observed. This density could accomodate a branched carbohydrate chain and a PO4 head group. A probable substrate suspected to be present in the structure has not been added to the model because it is not known for sure. Water molecules located around the Zn atom in the active site cavity have to be treated with care. Water molecule 218 may be replaced with a PO4.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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