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万見
- PDB-1txe: Solution structure of the active-centre mutant Ile14Ala of the hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1txe
タイトルSolution structure of the active-centre mutant Ile14Ala of the histidine-containing phosphocarrier protein (HPr) from Staphylococcus carnosus
要素Phosphocarrier protein HPr
キーワードTRANSPORT PROTEIN / open-faced beta-sandwich / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site ...: / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus carnosus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Moeglich, A. / Koch, B. / Hengstenberg, W. / Brunner, E. / Kalbitzer, H.R. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the active-centre mutant I14A of the histidine-containing phosphocarrier protein from Staphylococcus carnosus
著者: Moeglich, A. / Koch, B. / Gronwald, W. / Hengstenberg, W. / Brunner, E. / Kalbitzer, H.R.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: 15N and 1H NMR study of histidine containing protein (HPr) from Staphylococcus carnosus at high pressure
著者: Kalbitzer, H.R. / Goerler, A. / Li, H. / Dubovskii, P.V. / Hengstenberg, W. / Kowolik, C. / Yamada, H. / Akasaka, K.
#2: ジャーナル: APPL.MAGN.RESON. / 年: 1999
タイトル: Solution Structure of the Histidine-Containing Phosphocarrier Protein from Staphylococcus carnosus
著者: Goerler, A. / Hengstenberg, W. / Kravanja, M. / Beneicke, W. / Maurer, T. / Kalbitzer, H.R.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: NMR-spectroscopic mapping of an engineered cavity in the I14A mutant of HPr from Staphylococcus carnosus using xenon
著者: Groeger, C. / Moeglich, A. / Pons, M. / Koch, B. / Hengstenberg, W. / Kalbitzer, H.R. / Brunner, E.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: DRESS: a database of REfined solution NMR structures
著者: Nabuurs, S.B. / Nederveen, A.J. / Vranken, W. / Doreleijers, J.F. / Bonvin, A.M.J.J. / Vuister, G.W. / Vriend, G. / Spronk, C.A.E.M.
#5: ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Refinement of protein structures in explicit solvent
著者: Linge, J.P. / Williams, M.A. / Spronk, C.A.E.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Nilges, M.
履歴
登録2004年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocarrier protein HPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4771
ポリマ－9,4771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein


分子量: 9476.568 Da / 分子数: 1 / 変異: I14A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus carnosus (バクテリア)
プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23534

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
144HSQC
NMR実験の詳細Text: Residual dipolar couplings for the amide bond (HN-N) as well as between the atoms HA and HN have also been used as restraints for structure determination.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4mM HPrI14A, 20mM potassium phosphate pH 7.14, 100mM KCl5% D2O, 95% H2O
21.7mM HPrI14A U-15N, 20mM potassium phosphate pH 7.14, 100mM KCl5% D2O, 95% H2O
31.5mM HPrI14A U-15N,13C, 20mM potassium phosphate pH 7.14, 100mM KCl5% D2O, 95% H2O
40.9mM HPrI14A U-15N, 20mM potassium phosphate pH 7.14, 100mM KCl, 7.5% DIODPC/CHAPSO (4.3:1)5% D2O, 95% H2O
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 7.14 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AUREMOL1Gronwald, Neidig, Kalbitzerデータ解析
XwinNMR2.6Brukercollection
CNS1Brunger構造決定
CNS1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: TOTAL NUMBER OF NOES USED FOR THE CALCULATION: 1268, NUMBER OF INTRA-RESIDUE NOES USED FOR THE CALCULATION: 637, NUMBER OF SHORT RANGE NOES (I,J, I < J < I+5) USED FOR THE CALCULATION: 365, ...詳細: TOTAL NUMBER OF NOES USED FOR THE CALCULATION: 1268, NUMBER OF INTRA-RESIDUE NOES USED FOR THE CALCULATION: 637, NUMBER OF SHORT RANGE NOES (I,J, I < J < I+5) USED FOR THE CALCULATION: 365, NUMBER OF LONG RANGE (I,J, J > I+4) NOES USED FOR THE CALCULATION: 266, NUMBER OF DIHEDRAL ANGLES RESTRAINTS USED FOR THE CALCULATION: 44, NUMBER OF HYDROGEN BOND RESTRAINTS USED FOR THE CALCULATION: 20, NUMBER OF 1HN/15NH RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS USED FOR THE CALCULATION: 49, NUMBER OF 1HN/1HA RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS USED FOR THE CALCULATION: 25
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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