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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tx4 | ||||||
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タイトル | RHO/RHOGAP/GDP(DOT)ALF4 COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX(GTPASE ACTIVATN/PROTO-ONCOGENE) / COMPLEX (GTPASE ACTIVATION-PROTO-ONCOGENE) / GTPASE / TRANSITION STATE / GAP / COMPLEX(GTPASE ACTIVATN-PROTO-ONCOGENE) COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of endocytic recycling / transferrin transport / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction ...negative regulation of endocytic recycling / transferrin transport / aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / cell junction assembly / apical junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to chemokine / negative regulation of cell size / beta selection / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of oxidative phosphorylation / RHOF GTPase cycle / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHOD GTPase cycle / RHO GTPases activate CIT / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / PCP/CE pathway / RHO GTPases activate KTN1 / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / ossification involved in bone maturation / odontogenesis / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / motor neuron apoptotic process / RND2 GTPase cycle / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / PI3K/AKT activation / wound healing, spreading of cells / apical junction complex / regulation of neuron projection development / regulation of focal adhesion assembly / endosomal transport / negative chemotaxis / RHOB GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / myosin binding / EPHA-mediated growth cone collapse / stress fiber assembly / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / cerebral cortex cell migration / androgen receptor signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / ERBB2 Regulates Cell Motility / cleavage furrow / CDC42 GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / Rho protein signal transduction / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / mitotic spindle assembly / RHOA GTPase cycle / endothelial cell migration / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cytoplasmic microtubule organization / skeletal muscle tissue development / RHO GTPases activate PKNs / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / substrate adhesion-dependent cell spreading / GTPase activator activity / cell-matrix adhesion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Rittinger, K. / Walker, P.A. / Smerdon, S.J. / Gamblin, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Structure at 1.65 A of RhoA and its GTPase-activating protein in complex with a transition-state analogue. 著者: Rittinger, K. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Smerdon, S.J. / Gamblin, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tx4.cif.gz | 102.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tx4.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tx4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tx4_validation.pdf.gz | 469.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tx4_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tx4_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tx4_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/1tx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/1tx4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1am4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22586.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q07960 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20032.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61586 |
-非ポリマー , 4種, 500分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#4: 化合物 | ChemComp-ALF / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 2000 MME 100MM MES PH6.0 10MM MGCL2, 3MM DTT, 3MM NAN3, 114MM AMMONIUM SULFATE 400UM PROTEIN COMPLEX WITH 1MM ALCL3 AND 10MM NAF. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLAGE / 日付: 1997年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→6 Å / Num. obs: 42992 / % possible obs: 80.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.72 Å / % possible all: 60.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 160124 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60.8 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AM4 解像度: 1.65→6 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→6 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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