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万見
- PDB-1twy: Crystal structure of an ABC-type phosphate transport receptor fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1twy
タイトルCrystal structure of an ABC-type phosphate transport receptor from Vibrio cholerae
要素ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ABC transporter / NYSGXRC target / Protein Structure Initiative / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion binding / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PBP superfamily domain / Phosphate binding protein / PBP domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Phosphate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical ABC-type phosphate transporter
著者: Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_database_related ...audit_author / pdbx_database_related / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_related.db_name ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
E: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
F: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
G: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
H: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,29917
ポリマ－256,5158
非ポリマー7849
水25,4371412
1
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1843
ポリマ－32,0641
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1592
ポリマ－32,0641
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1592
ポリマ－32,0641
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1592
ポリマ－32,0641
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1592
ポリマ－32,0641
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1592
ポリマ－32,0641
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1592
ポリマ－32,0641
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1592
ポリマ－32,0641
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

E: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
F: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

G: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
H: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,29917
ポリマ－256,5158
非ポリマー7849
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area16480 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area80390 Å2
手法PISA
10
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6629
ポリマ－128,2574
非ポリマー4045
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area41280 Å2
手法PISA
11
E: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
F: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

G: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
H: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6378
ポリマ－128,2574
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area40650 Å2
手法PISA
12
A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3435
ポリマ－64,1292
非ポリマー2143
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
13
F: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

G: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3194
ポリマ－64,1292
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
14
B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子

C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3194
ポリマ－64,1292
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.630, 103.932, 126.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein


分子量: 32064.373 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
生物種: Vibrio cholerae / 株: N16961 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15601562, UniProt: Q9KLD9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: PegMME 20%, Kcl 0.2M, Tris-Bis, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A11.009
シンクロトロンNSLS X29A20.979
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年5月20日
ADSC QUANTUM 42CCD2004年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0091
20.9791
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 256149 / Num. obs: 256149 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 22.21
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.951 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23062 7738 3 %RANDOM
Rwork0.19275 ---
obs0.19388 248059 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15285 0 41 1412 16738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.02215480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2481.94820970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.066332690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56851963
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.22484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0217080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.23032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.216323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.29259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3390.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.81839791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.19515867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.79965689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.20185103
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.256 563
Rwork0.215 18060

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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