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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tvx | ||||||
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タイトル | NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2 VARIANT FORM M6L WITH FIVE ADDITIONAL AMINO TERMINAL RESIDUES (DSDLY) | ||||||
![]() | NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE 2 VARIANT | ||||||
![]() | CYTOKINE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of cell division / neutrophil chemotaxis / platelet alpha granule lumen / growth factor activity ...glucose transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of cell division / neutrophil chemotaxis / platelet alpha granule lumen / growth factor activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / inflammatory response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malkowski, M.G. / Edwards, B.F.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The amino-terminal residues in the crystal structure of connective tissue activating peptide-III (des10) block the ELR chemotactic sequence. 著者: Malkowski, M.G. / Lazar, J.B. / Johnson, P.H. / Edwards, B.F. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Recombinant Human Neutrophil-Activating Peptide-2 (M6L) at 1.9-A Resolution 著者: Malkowski, M.G. / Wu, J.Y. / Lazar, J.B. / Johnson, P.H. / Edwards, B.F. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Interleukin 8: Symbiosis of NMR and Crystallography 著者: Baldwin, E.T. / Weber, I.T. / Charles, R.St. / Xuan, J.C. / Appella, E. / Yamada, M. / Matsushima, K. / Edwards, B.F. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / al., et #3: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Bovine Platelet Factor 4 at 3.0-A Resolution 著者: Charles, R.St. / Walz, D.A. / Edwards, B.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THERE IS A TETRAMER IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF FOUR IDENTICAL ...SHEET THERE IS A TETRAMER IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF FOUR IDENTICAL MONOMERS. TWO MONOMERS COMBINE TO FORM AN EXTENDED SIX STRANDED BETA SHEET DIMER. TWO DIMERS ARE THEN ARRANGED BACK-TO-BACK TO FORM THE TETRAMER. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1napS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8217.521 Da / 分子数: 4 変異: M26L AND A FIVE RESIDUE (DSDLY) INSERT AT THE AMINO TERMINUS 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE NUMBERING SCHEME FOR ASP-CTAP FOLLOWS HOMOLOGY ALIGNMENT WITH THE FIRST PAIR OF CYSTEINE ...THE NUMBERING SCHEME FOR ASP-CTAP FOLLOWS HOMOLOGY ALIGNMENT WITH THE FIRST PAIR OF CYSTEINE RESIDUES IN BOVINE PLATELET FACTOR FOUR. THE NUMBERING SCHEME IS SEQUENTIAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 1.6M CITRATE, 0.1M HEPES, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→9.6 Å / Num. obs: 25385 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.0388 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 50642 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2 (1NAP) 解像度: 1.75→7 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 21058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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