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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tv6 | ||||||
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タイトル | HIV-1 Reverse Transcriptase Complexed with CP-94,707 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Pata, J.D. / Stirtan, W.G. / Goldstein, S.W. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004 タイトル: Structure of HIV-1 reverse transcriptase bound to an inhibitor active against mutant RTs resistant to other non-nucleoside inhibitors 著者: Pata, J.D. / Stirtan, W.G. / Goldstein, S.W. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Structure of the binding site for nonnucleoside inhibitors of the reverse transcriptase of human immunodeficiency virus type 1 著者: Smerdon, S.J. / Jaeger, J. / Wang, J. / Kohlstaedt, L.A. / Chirino, A.J. / Friedman, J.M. / Rice, P.A. / Steitz, T.A. #2: ジャーナル: Science / 年: 1992 タイトル: Crystal structure at 3.5 A resolution of HIV-1 reverse transcriptase complexed with an inhibitor 著者: Kohlstaedt, L.A. / Wang, J. / Friedman, J.M. / Rice, P.A. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN The reference for the bound inhibitor (CP-94,707): Goldstein, S.W., Stirtan, W.G. & ...HETEROGEN The reference for the bound inhibitor (CP-94,707): Goldstein, S.W., Stirtan, W.G. & Sherer, B.A. (2001) US Patent 6,242,461 (Pfizer, Inc.), CAN 135:19641. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tv6.cif.gz | 203.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tv6.ent.gz | 162.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tv6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tv6_validation.pdf.gz | 770.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tv6_full_validation.pdf.gz | 820.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tv6_validation.xml.gz | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tv6_validation.cif.gz | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tv6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3hvtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64517.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 遺伝子: POL / プラスミド: pKRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P03366, sulfate adenylyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51371.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 遺伝子: POL / プラスミド: pKRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P03366, sulfate adenylyltransferase |
#3: 化合物 | ChemComp-CP9 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 50 mM bis-Tris-propane, 100 mM ammonium sulfate, 0.2% (w/v) beta-octylglucoside, 10% (v/v) glycerol, 14% (w/v) PEG-8000, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 37944 / Num. obs: 37716 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1867 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 3HVT 解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2279111.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: This structure was refined against data that were sharpened by applying a B-factor correction of -60 using the CCP4 program CAD. These sharpened data are contained in the structure factor file for this entry.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.312 Å2 / ksol: 0.325981 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.8 Å / Total num. of bins used: 6 /
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