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- PDB-1ttt: Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ttt
タイトルPhe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex
要素
  • OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
  • TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
キーワードCOMPLEX (ELONGATION FACTOR/TRNA) / PROTEIN SYNTHESIS / EF-TU / TRNA / RIBOSOME / 1EFT / 4TNA / PEPTIDE ELONGATION RIBONUCLEOPROTEIN / COMPLEX (ELONGATION FACTOR-TRNA) / COMPLEX (ELONGATION FACTOR-TRNA) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / PHENYLALANINE / RNA / RNA (> 10) / Elongation factor Tu
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nissen, P. / Kjeldgaard, M. / Thirup, S. / Polekhina, G. / Reshetnikova, L. / Clark, B.F.C. / Nyborg, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the ternary complex of Phe-tRNAPhe, EF-Tu, and a GTP analog.
著者: Nissen, P. / Kjeldgaard, M. / Thirup, S. / Polekhina, G. / Reshetnikova, L. / Clark, B.F. / Nyborg, J.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994
タイトル: Purification and Crystallization of the Ternary Complex of Elongation Factor TU:GTP and Phe-tRNA(Phe)
著者: Nissen, P. / Reshetnikova, L. / Siboska, G. / Polekhina, G. / Thirup, S. / Kjeldgaard, M. / Clark, B.F. / Nyborg, J.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: The Crystal Structure of Elongation Factor EF-TU from Thermus Aquaticus in the GTP Conformation
著者: Kjeldgaard, M. / Nissen, P. / Thirup, S. / Nyborg, J.
履歴
登録1995年11月16日処理サイト: NDB
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
E: TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
F: TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
A: OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
B: OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
C: OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,10718
ポリマ－208,8996
非ポリマー2,20812
水90150
1
D: TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
A: OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3696
ポリマ－69,6332
非ポリマー7364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-27.2 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA
2
E: TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
B: OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3696
ポリマ－69,6332
非ポリマー7364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-30.2 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
3
F: TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
C: OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3696
ポリマ－69,6332
非ポリマー7364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11000 Å2
ΔGint-25.4 kcal/mol
Surface area26180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.835, 122.354, 151.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 6分子 DEFABC

#1: RNA鎖 TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: TERNARY COMPLEX WITH GUANOSINE-5'-(BETA,GAMMA-IMIDO) TRIPHOSPHATE (GDPNP)
#2: タンパク質 OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)


分子量: 44742.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 株: YT-1 / 参照: UniProt: Q01698

-
非ポリマー , 4種, 62分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細A NON-VERIFIED MG 2+ ION WAS INCLUDED IN ALL THREE TRNA MOLECULES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.67 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown / 詳細: Nissen, P., (1994) FEBS Lett., 356, 165. / PH range low: 7 / PH range high: 6.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlTC1drop
247-49 %AS1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月10日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 80769 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射
*PLUS
% possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 2.7→25 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 -5 %
Rwork0.206 --
all-76349 -
obs-76349 91.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9432 4956 135 50 14573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.3
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_it6.12
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.296
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.3
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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