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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tto | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Rnase T1 variant R2 | ||||||
![]() | RNase T1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ribonuclease / adenine specificity | ||||||
機能・相同性 | ![]() hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hahn, U. / Czaja, R. / Perbandt, M. / Betzel, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Purine activity of RNase T1RV is further improved by substitution of Trp59 by tyrosine 著者: Czaja, R. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Hahn, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1q9eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11106.709 Da / 分子数: 3 / 変異: k41e, y42f, n43r, y45w, e46n, w59y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, tris-Cl, calcium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2004年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Q9E 解像度: 2.1→48.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1817657.65 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.0963 Å2 / ksol: 0.343661 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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