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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tq4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of IIGP1: a paradigm for interferon inducible p47 resistance GTPases | ||||||
![]() | interferon-inducible GTPase | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / GTPase / Interferon gamma / dimer / immunology | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-containing vacuole membrane / Golgi cisterna membrane / defense response to protozoan / cellular response to interferon-beta / regulation of autophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to bacterium / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / GDP binding ...symbiont-containing vacuole membrane / Golgi cisterna membrane / defense response to protozoan / cellular response to interferon-beta / regulation of autophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to bacterium / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / GDP binding / nuclear membrane / defense response to Gram-negative bacterium / innate immune response / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghosh, A. / Uthaiah, R. / Howard, J. / Herrmann, C. / Wolf, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of IIGP1; A Paradigm for Interferon-Inducible p47 Resistance GTPases 著者: Ghosh, A. / Uthaiah, R. / Howard, J. / Herrmann, C. / Wolf, E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: IIGP1, an interferon-gamma-inducible 47-kDa GTPase of the mouse, showing cooperative enzymatic activity and GTP-dependent multimerization 著者: Uthaiah, R.C. / Praefcke, G.J.K. / Howard, J.C. / Herrmann, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 759.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 766.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47572.410 Da / 分子数: 1 / 変異: K48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, NaOAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日 |
放射 | モノクロメーター: Sagital focusing double Silicon (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.986 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 31715 / Num. obs: 31715 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
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