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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tpy | ||||||
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タイトル | Structure of the cyclopropane synthase MmaA2 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | methoxy mycolic acid synthase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Methyltransferase / cyclopropane synthase / mycolic acids / tuberculosis / SAM-dependent | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / mycolic acid biosynthetic process / cell wall / methyltransferase activity / methylation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, C.V. / Sacchettini, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of the cyclopropane synthase MmaA2 from Mycobacterium tuberculosis 著者: Smith, C.V. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tpy.cif.gz | 75.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tpy.ent.gz | 54.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tpy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tpy_validation.pdf.gz | 487.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tpy_full_validation.pdf.gz | 493.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tpy_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tpy_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/1tpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/1tpy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1lieS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32764.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mmaA2 / プラスミド: pET30b-mmaA2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q79FX6, cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#4: 化合物 | ChemComp-16A / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.541 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 6000, MES buffer, cetyl trimethyl ammonium bromide, S-adenosyl-l-homocysteine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 17966 / Num. obs: 17358 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.0582 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.3 Å / % possible all: 84.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PcaA ENTRY 1LIE 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
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