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- PDB-1tpl: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF TYROSINE PHENOL-LYASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tpl
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF TYROSINE PHENOL-LYASE
要素TYROSINE PHENOL-LYASE
キーワードLYASE(CARBON-CARBON)
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine phenol-lyase / Tyrosine phenol-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter intermedius (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Antson, A. / Demidkina, T. / Dauter, Z. / Harutyunyan, E. / Wilson, K.
引用
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992
タイトル: The Polypeptide Chain Fold in Tyrosine Phenol-Lyase, a Pyridoxal-5'-Phosphate-Dependent Enzyme
著者: Antson, A.A. / Strokopytov, B.V. / Murshudov, G.N. / Isupov, M.N. / Harutyunyan, E.H. / Demidkina, T.V. / Vassylyev, D.G. / Dauter, Z. / Terry, H. / Wilson, K.S.
履歴
登録1992年11月25日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET EACH SUBUNIT CONTAINS 14 ALPHA-HELICES AND TWO BETA-SHEETS: LARGE AND SMALL. THE STRUCTURE ...SHEET EACH SUBUNIT CONTAINS 14 ALPHA-HELICES AND TWO BETA-SHEETS: LARGE AND SMALL. THE STRUCTURE ALSO CONTAINS INTERSUBUNIT BETA-SHEET.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4026
ポリマ－103,0182
非ポリマー3844
水8,107450
1
A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子

A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,80412
ポリマ－206,0354
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area17400 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area60040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.020, 138.270, 93.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: VAL A 182 - THR A 183 OMEGA =355.89 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO A 339
3: VAL B 182 - THR B 183 OMEGA =354.87 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: CIS PROLINE - PRO B 339
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-637-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (-0.5621, -0.8271), (-0.8271, 0.5621), (-1) / ベクター: 59.375, 31.437, 41.345)
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO SUBUNITS OF THE TETRAMER. COORDINATES FOR OTHER TWO SUBUNITS CAN BE GENERATED USING CRYSTALLOGRAPHIC OPERATOR (76.02-X; -Y; Z). THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*

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要素

#1: タンパク質 TYROSINE PHENOL-LYASE


分子量: 51508.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter intermedius (バクテリア)
参照: UniProt: P31012, UniProt: P31013*PLUS, tyrosine phenol-lyase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125-30 mg/mlprotein1drop
250 mMpotasssium phosphate1drop
320 %satammonium sulfate1drop
40.2 mMdithiothreitol1drop
530 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 15 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→10 Å
詳細: ABOUT 6% OF THE AMINO ACIDS HAVE POOR ELECTRON DENSITY AND COULD NOT BE LOCATED. THESE RESIDUES LIE IN THREE LOOPS ON THE SURFACE OF THE MOLECULE: RESIDUES 123 - 131, 384 - 398, 442 - 447 IN ...詳細: ABOUT 6% OF THE AMINO ACIDS HAVE POOR ELECTRON DENSITY AND COULD NOT BE LOCATED. THESE RESIDUES LIE IN THREE LOOPS ON THE SURFACE OF THE MOLECULE: RESIDUES 123 - 131, 384 - 398, 442 - 447 IN THE A CHAIN AND RESIDUES 123 - 133, 384 - 398, 442 - 445 IN THE B CHAIN. NO COORDINATES ARE PRESENT FOR THESE RESIDUES.
Rfactor反射数
obs0.162 43205
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 20 450 7194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 43205 / Rfactor obs: 0.1622
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.038
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.049
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.012
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.20.213
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it43.8
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it88
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it65.8
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1010.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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