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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ton | ||||||
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タイトル | RAT SUBMAXILLARY GLAND SERINE PROTEASE, TONIN. STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | TONIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE(SERINE PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tissue kallikrein / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Activation of Matrix Metalloproteinases / regulation of systemic arterial blood pressure / zymogen activation / serine-type peptidase activity / secretory granule / serine-type endopeptidase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus rattus (エジプトネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Fujinaga, M. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Rat submaxillary gland serine protease, tonin. Structure solution and refinement at 1.8 A resolution. 著者: Fujinaga, M. / James, M.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985 タイトル: Kallikrein-Related M/Rnas of the Rat Submaxillary Gland. Nucleotide Sequences of Four Distinct Types Including Tonin 著者: Ashley, P.L. / Macdonald, R.J. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1984 タイトル: Amino Acid Sequence of Rat Submaxillary Tonin Reveals Similarities to Serine Proteases 著者: Lazure, C. / Leduc, R. / Seidah, N.G. / Thibault, G. / Genest, J. / Chretien, M. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: Crystal Data for Tonin, an Enzyme Involved in the Formation of Angiotensin II 著者: Hayakawa, K. / Kelly, J.A. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX THE SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS PRESENTED ON THE *HELIX* AND *TURN* RECORDS BELOW WERE ...HELIX THE SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS PRESENTED ON THE *HELIX* AND *TURN* RECORDS BELOW WERE EXTRACTED FROM THE PUBLICATION CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE. THIS INFORMATION WAS GENERATED USING THE PROCEDURE DEFINED BY W. KABSCH AND C. SANDER (BIOPOLYMERS, V. 22, P. 2577, 1983). | ||||||
Remark 700 | SHEET SHEETS *S1A* AND *S1B* FORM A SANDWICH. SHEETS *S2A* AND *S2B* FORM A SANDWICH. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ton.cif.gz | 55.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ton.ent.gz | 43.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ton.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ton_validation.pdf.gz | 368.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ton_full_validation.pdf.gz | 374.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ton_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ton_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1ton ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/1ton | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 219 IS A CIS PROLINE. / 2: SEE REMARK 4. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25686.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ) 参照: UniProt: P00759 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE ZINC ION IS ALSO BONDED TO OE2 GLU 148 OF A SYMMETRY-RELATED MOLECULE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 |
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反射 シェル | *PLUS |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / Rfactor obs: 0.196 / σ(I): 0 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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精密化 | *PLUS σ(I): 1 / 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 14997 / Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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