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- PDB-1tnv: CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF TOBACCO NECROSIS VIRUS (TNV) AT 5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tnv
タイトルCRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF TOBACCO NECROSIS VIRUS (TNV) AT 5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
  • TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
キーワードVIRUS / Icosahedral virus
生物種unidentified tobacco necrosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 5 Å
データ登録者Tsukihara, T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Crystal structural analysis of tobacco necrosis virus at 5 A resolution.
著者: Bando, M. / Morimoto, Y. / Sato, T. / Tsukihara, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Symmetry and Subunit Arrangement of Tobacco Necrosis Virus
著者: Tsukihara, T. / Yokota, Y. / Koyama, T. / Fukuyama, K. / Matsubara, H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Tobacco Necrosis Virus
著者: Fukuyama, K. / Hirota, S. / Tsukihara, T.
履歴
登録1994年3月11日処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
B: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
C: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5853
ポリマ－49,5853
非ポリマー00
水00
1
A: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
B: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
C: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,975,100180
ポリマ－2,975,100180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
B: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
C: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 248 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,92515
ポリマ－247,92515
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
B: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
C: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 298 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,51018
ポリマ－297,51018
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
B: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
C: TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 248 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,92515
ポリマ－247,92515
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)338.000, 338.000, 338.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
Atom site foot note1: UNK B 111 - UNK B 112 OMEGA = 211.95 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質 TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP1)


分子量: 15847.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) unidentified tobacco necrosis virus (ウイルス)
属: Necrovirus / 器官: BEAN
#2: タンパク質 TOBACCO NECROSIS VIRUS (SUBUNIT VP3)


分子量: 17889.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) unidentified tobacco necrosis virus (ウイルス)
属: Necrovirus / 器官: BEAN
配列の詳細THE PRIMARY SEQUENCE OF TNV IS NOT YET KNOWN; THEREFORE ALL RESIDUES WERE MODELED AS GLY AND ARE ...THE PRIMARY SEQUENCE OF TNV IS NOT YET KNOWN; THEREFORE ALL RESIDUES WERE MODELED AS GLY AND ARE REPRESENTED HERE AS UNK, ACCORDING TO PDB CONVENTION. THE SECONDARY STRUCTURES WERE NAMED FOLLOWING THE NOMENCLATURE FOR SOUTHERN BEAN MOSAIC VIRUS (HERMODSON ET AL., 1982).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.4 M / 一般名: sodium phosphate

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 5 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. all: 29161 / Num. obs: 24127 / Observed criterion σ(F): 5 / Num. measured all: 90251 / Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 5 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. possible: 12028 / Num. measured obs: 9515

-
解析

ソフトウェア名称: NCS / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 0 0 2328
ソフトウェア
*PLUS
名称: NCS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.184 / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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