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- PDB-1tn1: CRYSTALLOGRAPHIC AND BIOCHEMICAL INVESTIGATION OF THE LEAD(II)-CA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tn1
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC AND BIOCHEMICAL INVESTIGATION OF THE LEAD(II)-CATALYZED HYDROLYSIS OF YEAST PHENYLALANINE TRNA
要素TRNAPHE
キーワードRNA / TRANSLATION
機能・相同性LEAD (II) ION / SPERMINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dewan, J.C. / Brown, R.S. / Hingerty, B.E. / Klug, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: Crystallographic and biochemical investigation of the lead(II)-catalyzed hydrolysis of yeast phenylalanine tRNA.
著者: Brown, R.S. / Dewan, J.C. / Klug, A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1983
タイトル: Pb(II)-Catalysed Cleavage of the Sugar-Phosphate Backbone of Yeast tRNA-Phe-Implications for Lead Toxicity and Self-Splicing RNA
著者: Brown, R.S. / Hingerty, B.E. / Dewan, J.C. / Klug, A.
履歴
登録1986年12月4日処理サイト: BNL
改定 1.01987年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Other / Version format compliance
改定 1.32016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNAPHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,83610
ポリマ－24,8901
非ポリマー9459
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.700, 33.200, 63.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 TRNAPHE


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PB(1) IS BOUND IN THE T-PSI-C LOOP. PB(2) IS BOUND IN THE EXTRA LOOP REGION. PB(3) IS BOUND IN THE ...PB(1) IS BOUND IN THE T-PSI-C LOOP. PB(2) IS BOUND IN THE EXTRA LOOP REGION. PB(3) IS BOUND IN THE ANTICODON LOOP. THE COORDINATION SITES FOR THE PB IONS COULD NOT BE FULLY CHARACTERIZED BECAUSE OF DIFFICULTIES IN ASSIGNING BOUND WATER LIGANDS AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION. A DESCRIPTION OF THE INTERACTION REGIONS IS GIVEN IN REFERENCE 1 ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 %

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データ収集

放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
Num. obs: 4821 / Num. measured all: 10704

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.227 / 最高解像度: 3 Å
詳細: AT PRESENT THE COORDINATES FOR THE PH7.4 PB-TRNA ARE NOT AVAILABLE. THUS ONLY THE COORDINATES FOR THE PB IONS ARE INCLUDED IN THIS ENTRY. REFINEMENT OF THE PH5.0 AND PH7.4 STRUCTURES ...詳細: AT PRESENT THE COORDINATES FOR THE PH7.4 PB-TRNA ARE NOT AVAILABLE. THUS ONLY THE COORDINATES FOR THE PB IONS ARE INCLUDED IN THIS ENTRY. REFINEMENT OF THE PH5.0 AND PH7.4 STRUCTURES INDICATED THAT THEY CHANGED VERY LITTLE FROM THE NATIVE STRUCTURE. THE ONLY REAL DIFFERENCE IS THE PRESENCE OF THE PB IONS. ALSO, IN THE PH 7.4 STRUCTURE, THE SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES H2U 17 AND G 18. THIS ENTRY ORIGINALLY CONTAINED ONLY THE COORDINATES OF THE THREE PB IONS. IN ORDER TO BRING COMPLETENESS TO THE STRUCTURE, THE ENTRY HAS BEEN REMEDIATED BY MERGING THE COORDINATES OF THE TRNA, MG ION AND WATER FROM THE RELATED ENTRY 1TN2.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1652 22 107 1781
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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