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万見
- PDB-1tm9: NMR Structure of gene target number gi3844938 from Mycoplasma gen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tm9
タイトルNMR Structure of gene target number gi3844938 from Mycoplasma genitalium: Berkeley Structural Genomics Center
要素Hypothetical protein MG354
キーワードStructural genomics / unknown function / all alpha helical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性Hypothetical protein MG354 fold / MG354-like / Protein of unknown function DUF1951 / MG354-like superfamily / Domain of unknown function (DUF1951) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein MG354
機能・相同性情報
生物種Mycoplasma genitalium (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Pelton, J.G. / Shi, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Wemmer, D.E. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure of Gene Target gi3844938 from Mycoplasma genitalium
著者: Pelton, J.G. / Shi, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2004年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein MG354


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7181
ポリマ－15,7181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 200structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein MG354 / gi3844938


分子量: 15717.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium (バクテリア)
遺伝子: MG354 / プラスミド: pSJS1244 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47596

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1214D 13C-separated NOESY
1314D 13C/15N-separated NOESY
141HNHA
1513D 15N-separated NOESY
1612D NOESY
NMR実験の詳細Text: NOEs to PHE sidechains were identified in 2D 13C half-filtered and 2D 13C double half-filtered NOESY spectra on a sample with unlabeled PHE and all other residues both 15N and 13C labeled

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試料調製

詳細内容: 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 1 mM TCEP
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.14 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン分類
DYANA1.5構造決定
NMRPipe2.1解析
NMRView5.0.4データ解析
XwinNMR3.1collection
DYANA1.5精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on 850 NOE restraints (278 intra-residue, 238 sequential, 213 medium-range, and 121 long-range), 86 hydrogen bond restraints (43 hydrogen bonds), and 69 PHI torsion angle ...詳細: Structures are based on 850 NOE restraints (278 intra-residue, 238 sequential, 213 medium-range, and 121 long-range), 86 hydrogen bond restraints (43 hydrogen bonds), and 69 PHI torsion angle restraints, using the program DYANA. The structures were not energy minimized.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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