ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB CNS1.1 精密化 Show DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング SOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 3.1→29.34 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.297 2072 7.5 % RANDOM Rwork 0.269 - - - all 0.269 28481 - - obs 0.297 25578 97.1 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : CNS bulk solvent model used / Bsol : 17.7464 Å2 / ksol : 0.288706 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 165.07 Å2 / Biso mean : 62.29 Å2 / Biso min : 19.45 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.52 Å2 4.06 Å2 0 Å2 2- - -3.52 Å2 0 Å2 3- - - 7.04 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.46 Å 0.39 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.37 Å 0.35 Å Luzzati d res high - 3.1
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3.1→29.34 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4126 0 68 0 4194
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION x_bond_d0.008 X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1.5 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_deg26.8 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_impr_deg0.81
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 8
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree % reflection Rfree (%)Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Rfactor Rfree error Num. reflection all Num. reflection obs % reflection obs (%)3.1-3.24 0.329 238 7.3 0.322 3002 0.021 3522 3240 92 3.24-3.41 0.324 245 7.3 0.265 3110 0.021 3520 3355 95.3 3.41-3.62 0.289 272 8 0.25 3148 0.018 3520 3420 97.1 3.62-3.9 0.26 266 7.7 0.232 3183 0.016 3530 3449 97.7 3.9-4.3 0.304 235 6.7 0.262 3251 0.02 3545 3486 98.3 4.3-4.92 0.27 262 7.4 0.243 3259 0.017 3556 3521 99 4.92-6.18 0.284 288 8.1 0.254 3276 0.017 3597 3564 99.1 6.18-29.34 0.305 266 7.4 0.282 3349 0.019 3706 3615 97.5
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 dna-rna_rep.param X-RAY DIFFRACTION 3 water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION 4 ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION 5 Thy.top