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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tlv | ||||||
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タイトル | Structure of the native and inactive LicT PRD from B. subtilis | ||||||
要素 | Transcription antiterminator licT | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / transcriptional antitermination / conformational change / LicT / histidine phosphorylation / activation mechanism / HPr / dimer structure / phosphoenolpyruvate (PEP): sugar phosphotransferase system (PTS) / PTS regulation domains (PRD) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Graille, M. / Zhou, C.-Z. / Receveur-Brechot, V. / Collinet, B. / Declerck, N. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Activation of the LicT Transcriptional Antiterminator Involves a Domain Swing/Lock Mechanism Provoking Massive Structural Changes 著者: Graille, M. / Zhou, C.-Z. / Receveur-Brechot, V. / Collinet, B. / Declerck, N. / van Tilbeurgh, H. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of an activated form of the PTS regulation domain from the LicT transcriptional antiterminator 著者: van Tilbeurgh, H. / Lecoq, D. / Declerck, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tlv.cif.gz | 54.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tlv.ent.gz | 42.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tlv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tlv_validation.pdf.gz | 432.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tlv_full_validation.pdf.gz | 441.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tlv_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tlv_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/1tlv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, y, z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26189.223 Da / 分子数: 1 / 断片: PTS-REGULATORY DOMAIN (RESIDUES 57-274) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: LICT, N15A, BSU39080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39805 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4 詳細: 0.5-0.7 M potassium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→99 Å / Num. obs: 18537 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.59 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 44.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.401 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→9.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 558117.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.8314 Å2 / ksol: 0.420091 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→9.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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