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万見
- PDB-1tlf: UNPRECEDENTED QUATERNARY STRUCTURE OF E. COLI LAC REPRESSOR CORE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tlf
タイトルUNPRECEDENTED QUATERNARY STRUCTURE OF E. COLI LAC REPRESSOR CORE TETRAMER: IMPLICATIONS FOR DNA LOOPING
要素LAC REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Friedman, A.M. / Fischmann, T.O. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of lac repressor core tetramer and its implications for DNA looping.
著者: Friedman, A.M. / Fischmann, T.O. / Steitz, T.A.
履歴
登録1995年3月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAC REPRESSOR
B: LAC REPRESSOR
C: LAC REPRESSOR
D: LAC REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,49112
ポリマ－128,6194
非ポリマー1,8728
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area41400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.160, 64.730, 117.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 284 / 2: CIS PROLINE - PRO B 284 / 3: CIS PROLINE - PRO C 284 / 4: CIS PROLINE - PRO C 332 / 5: CIS PROLINE - PRO D 284

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要素

#1: タンパク質
LAC REPRESSOR


分子量: 32154.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03023
#2: 化合物
ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#3: 糖
ChemComp-IPT / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / ISOPROPYL-1-BETA-D-THIOGALACTOSIDE / 1-(ISOPROPYLTHIO)-BETA-GALACTOPYRANSIDE / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-galactoside / IPTG


タイプ: D-saccharide / 分子量: 238.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O5S
識別子タイププログラム
isopropyl-1-b-D-thiogalactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
非ポリマーの詳細THE MOLECULE WAS CRYSTALLIZED AS A COMPLEX WITH ISOPROPYL-BETA-D-THIOGLACTOPYRANOSIDE AND THE ETHYL ...THE MOLECULE WAS CRYSTALLIZED AS A COMPLEX WITH ISOPROPYL-BETA-D-THIOGLACTOPYRANOSIDE AND THE ETHYL MERCURIC ION, WHICH IS FOUND BOUND TO RESIDUE CYS281. THESE MOIETIES ARE INCLUDED AS HETATM RECORDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化
*PLUS
手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMNaMES11
20.1 mMIPTG11
30.02 %(w/v)11NaN3
417 mg/mlethylmercury phosphate11
5100 mMNaMES12
64 %(w/v)PEG600012
70.1 mMIPTG12
80.02 %(w/v)12NaN3
90.010 mMEDTA11

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データ収集

反射解像度: 2.6→8 Å / Num. obs: 37549 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.222 / Rfactor obs: 0.222 / 最高解像度: 2.6 Å
詳細: THE C1 AND HG ATOMS OF THE EMC HET GROUP ARE CHEMICALLY BOUND. THE BOND DISTANCE BETWEEN THEM IS GREATER THAN EXPECTED DUE TO THE LACK OF BONDING RESTRAINT IN THE REFINEMENT AND LIMITED RESOLUTION.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10712 0 116 0 10828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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