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万見
- PDB-1thm: CRYSTAL STRUCTURE OF THERMITASE AT 1.4 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1thm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THERMITASE AT 1.4 ANGSTROMS RESOLUTION
要素THERMITASE
キーワードHYDROLASE(SERINE PROTEASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


thermitase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thermitase-like, domain / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related ...Thermitase-like, domain / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Teplyakov, A.V. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystal structure of thermitase at 1.4 A resolution.
著者: Teplyakov, A.V. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.H. / Vainshtein, B.K. / Frommel, C. / Hohne, W.E. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Effects of Eglin-C Binding to Thermitase: Three-Dimensional Structure Comparison of Native Thermitase and Thermitase Eglin-C Complexes
著者: Gros, P. / Teplyakov, A.V. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1990
タイトル: Thermitase and Proteinase K: A Comparison of the Refined Three-Dimensional Structures of the Native Enzymes
著者: Betzel, C. / Teplyakov, A.V. / Harutyunyan, E.H. / Saenger, W. / Wilson, K.S.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Thermitase from Thermoactinomyces Vulgaris at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Teplyakov, A.V. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.H. / Froemmel, C. / Hoehne, W.E.
#4: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1987
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Thermitase at a Resolution of 2.5 Angstroms
著者: Teplyakov, A.V. / Strokopytov, B.V. / Kuranova, I.P. / Popov, A.N. / Arutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. / Froemmel, K. / Khene, V.
#5: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1981
タイトル: Influence of Calcium Binding on the Thermal Stability of Thermitase, a Serine Protease from Thermoactinomyces Vulgaris
著者: Froemmel, C. / Hoehne, W.E.
履歴
登録1992年2月24日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THERMITASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7647
ポリマ－28,3731
非ポリマー3916
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.950, 64.050, 47.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 172 IS A CIS PROLINE.
2: PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION PRO 214 - THR 215 OMEGA ANGLE = 358.763

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要素

#1: タンパク質 THERMITASE


分子量: 28372.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
参照: UniProt: P04072, thermitase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: THET_THEVU THERMITASE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE VAL 199 TRP 199 TRP 208 SER 208 THE AMINO ACID SEQUENCE USED IN THIS ENTRY CONTAINS THESE TWO CORRECTIONS OF THE PUBLISHED CHEMICAL SEQUENCE (MELOUN ET AL., FEBS LETT.,1985, 183, 195-200) WHICH WERE INTRODUCED ON THE BASIS OF THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.14 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5 %(w/v)protein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoir
32-4 %(v/v)MPD1reservoir
420-25 %(w/v)ammonium sulphate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 43794 / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.126

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.37→7 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.166 45660
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 0 18 193 2214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.983
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.434.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.023
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.194.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1420.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1570.25
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1490.25
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.10.25
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.14
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor26.620
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.37 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection all: 45660 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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