[日本語] English
万見
- PDB-1tha: MECHANISM OF MOLECULAR RECOGNITION. STRUCTURAL ASPECTS OF 3,3'-DI... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tha
タイトルMECHANISM OF MOLECULAR RECOGNITION. STRUCTURAL ASPECTS OF 3,3'-DIIODO-L-THYRONINE BINDING TO HUMAN SERUM TRANSTHYRETIN
要素TRANSTHYRETIN
キーワードTRANSPORT(THYROXINE)
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,3'-DEIODO-THYROXINE / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Mechanism of molecular recognition. Structural aspects of 3,3'-diiodo-L-thyronine binding to human serum transthyretin.
著者: Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Protein-DNA and Protein-Hormone Interactions in Prealbumin, a Model of the Thyroid Hormone Nuclear Receptor (Query)
著者: Blake, C.C.F. / Oatley, S.J.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure of Human Plasma Prealbumin at 2.5 Angstroms Resolution, a Preliminary Report on the Polypeptide Chain Conformation, Quaternary Structure and Thyroxine Binding
著者: Blake, C.C.F. / Geisow, M.J. / Swan, I.D.A. / Rerat, C. / Rerat, B.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1971
タイトル: An X-Ray Study of the Subunit Structure of Prealbumin
著者: Blake, C.C.F. / Swan, I.D.A. / Rerat, C. / Berthou, J. / Laurent, A. / Rerat, B.
#2: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
著者: Feldmann, R.J.
#3: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
著者: Dayhoff, M.O.
履歴
登録1991年11月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE FIRST STRAND OF THE *EXTERNAL* SHEET IN EACH SUBUNIT IS DISCONTINUOUS. TO ACCOMMODATE ...SHEET THE FIRST STRAND OF THE *EXTERNAL* SHEET IN EACH SUBUNIT IS DISCONTINUOUS. TO ACCOMMODATE THESE DISCONTINUITIES EACH *EXTERNAL* SHEET IS REPRESENTED HERE TWICE, WITH A DIFFERENT STRAND 1 IN EACH CASE. STRANDS 2, 3, 4 OF *X1A* ARE IDENTICAL TO STRANDS 2, 3, 4 OF *X2A*. SIMILARLY STRANDS 2, 3, 4 OF *X1B* ARE IDENTICAL TO STRANDS 2, 3, 4 OF *X2B*. THIS DESCRIPTION IS CONSISTENT WITH THAT USED BY BLAKE AND COWORKERS FOR THE NATIVE TRANSTHYRETIN IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 2PAB.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6034
ポリマ－27,5532
非ポリマー1,0502
水1,76598
1
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子

A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2068
ポリマ－55,1064
非ポリマー2,1004
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.927, 86.653, 65.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-130-

T33

21B-130-

T33

-
要素

#1: タンパク質 TRANSTHYRETIN


分子量: 13776.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-T33 / 3,3'-DEIODO-THYROXINE / 3,3′-ジヨ-ドチロニン


分子量: 525.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13I2NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: TTHY_HUMAN SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLU 83 GLN A 63 GLU 83 GLN B 63

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
一般名: ammonium sulfate

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.93 Å / Num. obs: 12244 / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 38040 / Rmerge(I) obs: 0.073

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CORELS精密化
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2→8 Å / Rfactor obs: 0.185
詳細: THIS COORDINATE SET COMPRISES TWO CHAINS REPRESENTING TWO CHEMICALLY EQUIVALENT, BUT CRYSTALLOGRAPHICALLY DISTINCT, ENTITIES. THE OTHER HALF OF THE COMPLETE TETRAMER MAY BE GENERATED FROM ...詳細: THIS COORDINATE SET COMPRISES TWO CHAINS REPRESENTING TWO CHEMICALLY EQUIVALENT, BUT CRYSTALLOGRAPHICALLY DISTINCT, ENTITIES. THE OTHER HALF OF THE COMPLETE TETRAMER MAY BE GENERATED FROM THIS DIMER BY THE APPLICATION OF THE CRYSTALLOGRAPHIC DIAD PARALLEL TO Z THROUGH THE ORIGIN OF THIS COORDINATE SYSTEM, I. E. XPRIME=-X, YPRIME=-Y, ZPRIME=Z.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 44 98 1970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it2.241.75
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it3.482.5
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.651.75
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it4.172.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 12215 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.060.04
X-RAY DIFFRACTIONo_planar_d0.060.05
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.180.15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る