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- PDB-1tf6: CO-CRYSTAL STRUCTURE OF XENOPUS TFIIIA ZINC FINGER DOMAIN BOUND T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tf6
タイトルCO-CRYSTAL STRUCTURE OF XENOPUS TFIIIA ZINC FINGER DOMAIN BOUND TO THE 5S RIBOSOMAL RNA GENE INTERNAL CONTROL REGION
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*C P*CP*TP*GP*GP*AP* TP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*T P*AP*CP*TP*AP*AP* CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR IIIA)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / RNA POLYMERASE III / TRANSCRIPTION INITIATION / ZINC FINGER PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit biogenesis / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor IIIA
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nolte, R.T. / Conlin, R.M. / Harrison, S.C. / Brown, R.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Differing roles for zinc fingers in DNA recognition: structure of a six-finger transcription factor IIIA complex.
著者: Nolte, R.T. / Conlin, R.M. / Harrison, S.C. / Brown, R.S.
履歴
登録1998年3月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*C P*CP*TP*GP*GP*AP* TP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*T P*AP*CP*TP*AP*AP* CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*C P*CP*TP*GP*GP*AP* TP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*T P*AP*CP*TP*AP*AP* CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR IIIA)
D: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR IIIA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,17418
ポリマ－82,3896
非ポリマー78512
水00
1
B: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*C P*CP*TP*GP*GP*AP* TP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*T P*AP*CP*TP*AP*AP* CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR IIIA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5879
ポリマ－41,1953
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*C P*CP*TP*GP*GP*AP* TP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*T P*AP*CP*TP*AP*AP* CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3')
D: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR IIIA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5879
ポリマ－41,1953
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.180, 64.712, 78.035
Angle α, β, γ (deg.)90.07, 92.98, 102.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.90069, -0.43447, 0.00204), (-0.43444, 0.90067, 0.00782), (-0.00524, 0.00616, -0.99997)78.54161, 18.46218, 82.12378
2given(-0.89683, -0.44229, -0.00873), (-0.44235, 0.89681, 0.00772), (0.00442, 0.01079, -0.99993)78.89021, 18.84468, 81.35723
3given(-0.89287, -0.45031, -0.00028), (-0.45031, 0.89286, 0.0051), (-0.00205, 0.00467, -0.99999)78.95392, 19.75191, 82.6093
4given(-0.89242, -0.4512, -0.0024), (-0.45121, 0.89241, 0.00452), (0.0001, 0.00511, -0.99999)79.06322, 19.84412, 82.49853

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*C P*CP*TP*GP*GP*AP* TP*GP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*C)-3') / 5S RIBOSOMAL RNA GENE


分子量: 9634.182 Da / 分子数: 2 / 断片: INTERNAL PROMOTER REGION / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*T P*AP*CP*TP*AP*AP* CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*G)-3') / 5S RIBOSOMAL RNA GENE


分子量: 9434.062 Da / 分子数: 2 / 断片: INTERNAL PROMOTER REGION / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR IIIA) / TRANSCRIPTION FACTOR IIIA


分子量: 22126.504 Da / 分子数: 2 / 断片: NH2-TERMINAL SIX FINGERS, RESIDUE 1-190 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
解説: CDNA; / Cell: OOCYTE / 器官: OVARY / Organelle: NUCLEUS / プラスミド: PRSET B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03001
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
解説: DATA WERE FILTERED LOCALLY WITH AN I/SIGMA(I) CUTOFF OF 1.0 - ELIMINATION OF UNRELIABLE MEASUREMENTS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 22.5% PEG 4000, 165 MM NACL, 35 MM SODIUM ACETATE, 3.2 MM DTT, 9.2% (VOL/VOL) GLYCEROL, 1.8 MM NAN3, 1.8 MM CADAVERINE-2HCL, 5.5 MM TRIS-HCL, PH 8.0, VAPOR ...詳細: COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 22.5% PEG 4000, 165 MM NACL, 35 MM SODIUM ACETATE, 3.2 MM DTT, 9.2% (VOL/VOL) GLYCEROL, 1.8 MM NAN3, 1.8 MM CADAVERINE-2HCL, 5.5 MM TRIS-HCL, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NACL11
3SODIUM ACETATE11
4DTT11
5GLYCEROL11
6NAN311
7CADAVERINE-2HCL11
8TRIS-HCL11
9PEG 400011
10WATER12
11PEG 400012

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 19034 / % possible obs: 77.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.06
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 77.4 % / Num. measured all: 126746

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4RAVE DMモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
RAVE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: ISOTROPIC B FACTORS WERE REFINED AGAINST UNSHARPENED NATIVE DATA WHICH HAS AN INHERENT B FACTOR OF 65.0, AND R-FACTORS WERE CALCULATED USING ANISOTROPICALLY SHARPENED DATA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.363 497 2.9 %RANDOM
Rwork0.308 ---
obs0.308 17014 81.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.26 Å24.52 Å2-0.72 Å2
2---5.82 Å21.02 Å2
3----11.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.64 Å0.55 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a-0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2953 2530 12 0 5495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.454
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.492
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.484
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NDBX.DNATOP_NBDX.DNA
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONTOPH19.ION
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 2.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 65 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.94
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.492
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.454
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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