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- PDB-1te2: Putative Phosphatase Ynic from Escherichia coli K12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1te2
タイトルPutative Phosphatase Ynic from Escherichia coli K12
要素2-deoxyglucose-6-P phosphatase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Phosphatase / Phosphates / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


mannitol-1-phosphatase / sorbitol-6-phosphatase / 2-deoxyglucose-6-phosphatase / 2-deoxyglucose-6-phosphatase activity / mannitol-1-phosphatase activity / glucose-6-phosphatase activity / sorbitol-6-phosphatase activity / sugar-phosphatase / sugar-phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 ...mannitol-1-phosphatase / sorbitol-6-phosphatase / 2-deoxyglucose-6-phosphatase / 2-deoxyglucose-6-phosphatase activity / mannitol-1-phosphatase activity / glucose-6-phosphatase activity / sorbitol-6-phosphatase activity / sugar-phosphatase / sugar-phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold ...: / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Phosphatase / Hexitol phosphatase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, A. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Phosphatase Ynic from Escherichia coli K12
著者: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A.
履歴
登録2004年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32015年6月17日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42015年6月24日Group: Source and taxonomy
改定 1.52024年7月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN AUTHOR STATED THAT THE MISSING ATOMS OF 2PL MAY BE DUE TO DISORDER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-deoxyglucose-6-P phosphatase
B: 2-deoxyglucose-6-P phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6108
ポリマ－50,1372
非ポリマー4726
水11,476637
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
2
B: 2-deoxyglucose-6-P phosphatase
ヘテロ分子

A: 2-deoxyglucose-6-P phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6108
ポリマ－50,1372
非ポリマー4726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area1810 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.591, 88.447, 48.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細unknown, but most likely a dimer as it is in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 2-deoxyglucose-6-P phosphatase


分子量: 25068.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C3T7L2, UniProt: P77247*PLUS, phosphoglycolate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O6P
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / Fragment: 2-HYDROXY ETHYL PHOSPHATE / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Calcium Chloride PEG 3350 or PEGMME 3350, Sodium cacodylate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9795, 0.956
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97951
30.9561
反射解像度: 1.76→25.16 Å / Num. all: 39931 / Num. obs: 38493 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 2843 / % possible all: 71.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→25.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.238 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21964 3770 10 %RANDOM
Rwork0.17416 ---
all0.1787 39931 --
obs0.1787 33858 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.716 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å2-2.54 Å2
2---2.14 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→25.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3350 0 20 637 4007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.9974760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83437778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8025449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02524.126143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79715616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9161530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3360.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.24327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21988
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1760.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2650.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7871.52326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1521.5884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1323615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86331341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8184.51145
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.809 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 182 -
Rwork0.242 1617 -
obs-1617 0.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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