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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tdu | ||||||
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タイトル | E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE (DURD) | ||||||
![]() | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
![]() | METHYLTRANSFERASE / TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) / SUBSTRATE MODULES | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stout, T.J. / Sage, C.R. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The additivity of substrate fragments in enzyme-ligand binding. 著者: Stout, T.J. / Sage, C.R. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 550.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 568.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, 0.01, -0.009), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30543.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION ...詳細: CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36809 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 90.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 148364 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1ZPR 解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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