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万見
- PDB-1tdt: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF TETRAHYDRODIPICOLINATE-N-SUCCINYLT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tdt
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF TETRAHYDRODIPICOLINATE-N-SUCCINYLTRANSFERASE
要素TETRAHYDRODIPICOLINATE-N-SUCCINYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / SUCCINYLTRANSFERASE / LYSINE METABOLISM / HEXAPEPTIDE TRANSFERASE / CELL WALL BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotidyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat ...Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / MIR - 2 HEAVY ATOM DERIVATIVES / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Beaman, T.W. / Binder, D.W. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structure of tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase.
著者: Beaman, T.W. / Binder, D.A. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Tetrahydrodipicolinate-N-Succinyltransferase
著者: Binder, D.A. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
履歴
登録1996年11月19日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRAHYDRODIPICOLINATE-N-SUCCINYLTRANSFERASE
B: TETRAHYDRODIPICOLINATE-N-SUCCINYLTRANSFERASE
C: TETRAHYDRODIPICOLINATE-N-SUCCINYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7473
ポリマ－84,7473
非ポリマー00
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area28030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 107.900, 70.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.1684, 0.50037, -0.84928), (0.73035, 0.64196, 0.2334), (0.66169, -0.58096, -0.47355)-5.89603, -0.43918, -23.76383
2given(-0.1684, 0.73035, 0.66199), (0.50037, 0.64196, -0.58096), (-0.84928, 0.2334, -0.47355)15.05919, -10.57381, -16.15831

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要素

#1: タンパク質 TETRAHYDRODIPICOLINATE-N-SUCCINYLTRANSFERASE / THDP-SUCCINYLTRANSFERASE / DAPD


分子量: 28249.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P56220
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 14-19 % (W/V) POLYETHYLENEGLYCOL 4000 200 MM AMMONIUM SULFATE 6-12 % 2-PROPANOL 100 MM HEPES, PH 7.5,
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 %(w/v)PEG400011
2200 mMammonium sulfate11
3100 mMHEPES11
410 %(v/v)2-propanol11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 38447 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 73
反射
*PLUS
Num. measured all: 137056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
TNT精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MIR - 2 HEAVY ATOM DERIVATIVES / 最高解像度: 2.2 Å / Isotropic thermal model: BCORREL.DAT (WEIGHTS GIVEN ABOVE) / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: PROTGEO.DAT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1921 5 %
Rwork0.17 --
all-38447 -
obs-38447 90 %
溶媒の処理Bsol: 187.3 Å2 / ksol: 0.679 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5780 0 0 215 5995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00958820.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.9779761.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d24.135150
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0051502
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.018715
X-RAY DIFFRACTIONt_it3.93117643
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.022610
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0052
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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